公司扣除底薪是否违法，需视具体情况判断。以下是对此问题的详细分析：

一般情况下属于违法

1. 法律依据：根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。底薪作为工资的基本组成部分，同样受到这一法律原则的保护。因此，若用人单位无正当理由扣减底薪，则属违法行为。

2. 劳动合同约定：如果劳动合同明确约定了基础底薪的金额及支付方式，且用人单位没有合理合法的理由就擅自扣减基础底薪，这种行为也是违法的。因为劳动合同具有法律效力，双方都应当按照合同约定履行各自的义务。

存在合法扣减的特殊情形

尽管一般情况下不得扣减底薪，但在以下特殊情形下，公司扣发底薪具有一定的合理性：

1. 代扣代缴费用：如社保、个税等，这是公司依法履行的义务，可以从员工的工资中扣除相应的费用。但这类扣减并非针对底薪本身，而是基于法律规定的义务。

2. 员工个人原因造成损失：

   • 如果因员工本人原因给用人单位造成经济损失，用人单位可以按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地的最低工资标准。这种情况下，扣减的可能包括底薪部分，但需严格遵守法律规定的比例和限额。
   • 员工请事假等未提供正常劳动的情况下，用人单位可以不支付事假期间的工资，这可能涉及底薪中对应比例的部分扣减。但同样需确保扣减后的工资不低于最低工资标准。

3. 符合规章制度规定：

   • 用人单位有明确、合理且经过民主程序制定并向劳动者公示的规章制度，其中规定了某些情形下可以扣减基础底薪，并且该扣减行为符合规章制度的具体规定。例如，规章制度明确规定员工连续旷工一定天数将扣减一定比例的基础底薪。但用人单位需承担举证责任，证明规章制度的制定程序合法、内容合理且已向劳动者公示。

员工权益保障

如果员工认为用人单位扣减基础底薪的行为违法，可以采取以下措施维护自己的合法权益：

1. 协商沟通：首先与用人单位协商沟通，要求其说明理由并纠正错误做法。

2. 投诉或仲裁：如果协商无果，员工可以向劳动监察部门投诉或者申请劳动仲裁来维护自己的权益。根据《劳动保障监察条例》第二十六条，用人单位克扣或者无故拖欠劳动者工资报酬的，由劳动保障行政部门责令限期支付劳动者的工资报酬，并可能加付赔偿金。

总结与建议：

公司扣除底薪是否违法，需根据具体情况判断。在一般情况下，公司不得随意扣除员工的底薪。但如果存在合法扣减的特殊情形，如代扣代缴费用、员工个人原因造成损失且符合法律规定比例、符合规章制度规定等，公司扣发底薪可能具有一定的合理性。然而，无论何种情形，公司都需严格遵守法律规定，确保扣减行为合法合规。如果员工认为用人单位扣减基础底薪的行为违法，可以通过协商沟通、投诉或仲裁等方式维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。