行政复议申请人阅卷后提出书面质疑材料，复议机关一般需要将其转交给被申请人。以下从法律背景、具体操作及法律后果三个角度进行详细分析：
法律背景
根据《中华人民共和国行政复议法》及相关规定，行政复议过程中，申请人有权查阅被申请人提出的书面答复、作出具体行政行为的证据、依据和其他有关材料。这是为了保障申请人的知情权，使其能够充分了解行政行为的依据和理由，从而有效行使复议权利。同时，复议机关在受理复议申请后，有义务将申请书副本或者申请笔录复印件发送给被申请人，要求被申请人提出书面答复，并提交当初作出具体行政行为的证据、依据和其他有关材料。这一流程设计旨在确保复议程序的公正性和透明性，使复议机关能够全面、客观地审查行政行为的合法性。
具体操作
申请人阅卷与提出质疑：
- 申请人在阅卷过程中，如果发现被申请人提交的材料存在疑问或需要进一步说明的地方，有权提出书面质疑材料。
- 这些质疑材料通常包括对被申请人提交的证据、依据或其他有关材料的质疑、反驳或补充说明。
复议机关的处理：
- 复议机关在收到申请人的书面质疑材料后，应当进行审查，并认为有必要将质疑材料转交给被申请人的，应当及时转交。
- 转交质疑材料的目的是让被申请人有机会对质疑进行回应和解释，从而有助于复议机关更全面地了解案件情况，作出公正的复议决定。
被申请人的回应：
- 被申请人在收到复议机关转交的质疑材料后，应当在规定的期限内提出书面答复或补充材料。
- 被申请人的答复或补充材料应当针对申请人的质疑进行具体回应，提供充分的证据和理由支持其行政行为的合法性。
法律后果
对复议程序的影响：
- 如果复议机关未将申请人的书面质疑材料转交给被申请人，可能导致被申请人无法充分了解申请人的质疑点，从而无法作出有效的回应和解释。
- 这可能影响复议机关对案件的全面审查，甚至可能导致复议决定的不公正。
对被申请人权利的影响：
- 被申请人有权了解申请人的质疑点，并有机会进行回应和解释。
- 如果复议机关未转交质疑材料，可能剥夺了被申请人的这一权利，从而对其合法权益造成损害。
对复议决定的影响：
- 复议机关在作出复议决定时，应当充分考虑申请人和被申请人的意见和证据。
- 如果复议机关未转交质疑材料，可能导致复议决定缺乏充分的依据和理由，从而降低其公正性和可信度。
建议：在实际操作中，复议机关应当严格按照法律规定和程序要求，及时将申请人的书面质疑材料转交给被申请人，并确保被申请人有机会进行回应和解释。同时，申请人和被申请人也应当积极配合复议机关的工作，提供充分的证据和理由支持自己的主张。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。