核心结论：基本农田被占用20年的赔偿问题需结合土地性质、占用主体、占用行为合法性等因素综合判断，可能涉及行政处罚、民事赔偿或刑事责任。以下分情况说明：
1. 若占用行为违法（如未经批准或超批准范围占用）
- 行政责任：根据《土地管理法》第七十七条，占用基本农田未经批准的，由县级以上政府自然资源主管部门责令退还土地，限期拆除或没收地上建筑物，并可处每平方米300元至1000元罚款（基本农田按最高标准处罚）。
示例：5亩（约3333平方米）基本农田被违法占用，罚款范围为100万元至333万元。
- 民事赔偿：占用方需赔偿土地20年间的收益损失（如农业种植收益），标准可参考当地同类土地年均产值乘以20年。
计算方式：若当地基本农田年均产值每亩2000元，5亩20年损失为20万元。
- 刑事责任：若占用基本农田5亩以上，可能触犯《刑法》第三百四十二条（非法占用农用地罪），处五年以下有期徒刑或拘役，并处或单处罚金。
2. 若占用行为合法（如经批准征收但补偿未到位）
- 补偿标准：根据《土地管理法》第四十八条，征收基本农田的补偿包括土地补偿费、安置补助费（均按前三年平均年产值的30倍计算），以及地上附着物和青苗补偿费。
示例：若前三年平均年产值每亩3000元，5亩土地补偿费为45万元（3000元/亩×30倍×5亩），安置补助费同理。
- 滞纳金或利息：若补偿款未按时支付，可要求按银行同期贷款利率支付逾期利息。
3. 若占用主体为政府或公共项目
- 行政复议或诉讼：可对征收决定或补偿方案提起行政复议（60日内）或行政诉讼（6个月内），要求重新核定补偿标准。
- 社会稳定风险：长期未补偿可能引发群体性事件，政府可能主动协商提高补偿。
行动建议
- 收集证据：土地权属证明（如土地承包经营权证）、占用现场照片、证人证言、历年农业收益记录等。
- 协商解决：先与占用方或当地自然资源部门沟通，要求退还土地或支付补偿。
- 法律程序：若协商无果，可向法院提起民事诉讼（要求赔偿）或行政诉讼（要求撤销违法占用行为），同时向自然资源部门举报要求行政处罚。
提示：基本农田保护是法律红线，占用行为即使超过20年也不会因时效而免责。建议尽快通过法律途径主张权利，避免证据灭失。如有进一步问题，可直接向我咨询具体操作细节。