在职期间可以秘密进行劳动仲裁，但需注意相关程序和证据保护。以下是对这一问题的详细分析：
一、在职期间劳动仲裁的合法性
根据《劳动争议调解仲裁法》的规定，在劳动关系存续期间，劳动者与用人单位因确认劳动关系、劳动合同相关事宜、劳动报酬、工伤医疗费、经济补偿或赔偿金等发生争议且协商不成时，劳动者有权向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。这意味着，即使劳动者仍在职，也有权依法申请劳动仲裁以维护自身合法权益。
二、秘密进行劳动仲裁的可行性
不公开审理的申请：
- 在劳动仲裁过程中，如果涉及商业秘密、个人隐私等敏感信息，劳动者或用人单位可以申请不公开审理。根据《劳动人事争议仲裁办案规则》，当事人申请不公开审理的，仲裁庭应当予以准许，但涉及国家秘密的除外。
- 申请不公开审理是保护秘密信息的重要手段。通过不公开审理，可以确保仲裁过程中的信息不被外界知晓，从而维护当事人的商业利益和个人隐私。
保密协议的签订：
- 在劳动仲裁过程中，所有参与仲裁的各方，包括申请人、被申请人、仲裁员及相关工作人员，均可以签署保密协议。保密协议可以明确保密范围、期限及法律责任，确保仲裁过程中的秘密信息不被泄露。
- 签订保密协议是增强保密性的有效方式。通过保密协议，可以约束各方行为，防止因信息泄露而给当事人带来不必要的损失。
证据材料的妥善管理：
- 在劳动仲裁过程中，涉及秘密信息的证据材料应当进行严格保管和封存。仲裁机构可以采取限制查阅、复制等措施，确保证据材料不被泄露。
- 妥善管理证据材料是保护秘密信息的关键环节。通过严格保管和封存证据材料，可以防止信息外泄，维护当事人的合法权益。
三、在职期间劳动仲裁的注意事项
仲裁时效：
- 劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。因此，劳动者在发现用人单位存在违法行为时，应当及时申请劳动仲裁，以免超过时效期间而丧失维权机会。
证据准备：
- 在申请劳动仲裁时，劳动者需要准备充分的证据来支持自己的诉求。证据可以包括劳动合同、工资条、工作记录、加班证据等。这些证据应当能够证明劳动关系及相关事实，为仲裁庭的裁决提供有力支持。
遵循法定程序：
- 在劳动仲裁过程中，劳动者需要遵循法定程序进行申请、受理、开庭、裁决等环节。只有遵循法定程序，才能确保仲裁的顺利进行和裁决的公正性。
举例说明：假设劳动者在职期间发现用人单位存在拖欠工资的行为，劳动者可以依法向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。在申请过程中，劳动者可以申请不公开审理以保护自己的隐私和用人单位的商业秘密。同时，劳动者需要准备充分的证据来证明用人单位的违法行为，并遵循法定程序进行仲裁。
特别提醒：虽然在职期间可以秘密进行劳动仲裁，但劳动者在申请前需要综合考虑自身情况，包括与用人单位的关系、证据的充分性、仲裁时效等因素。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。