申请回避应当在案件开始审理时提出，若回避事由在案件开始审理后才知道的，也可以在法庭辩论终结前提出。以下是对这一问题的详细分析：

一、申请回避的基本原则

申请回避是法律程序中保障公正的一项重要权利。当事人及其法定代理人有权提出回避申请，但需明确说明回避的理由，如与案件有利害关系、可能影响公正处理等。申请方式可以口头或书面形式提出，但内容应清晰、具体。对驳回回避申请的决定，当事人及其法定代理人通常享有一次复议的权利。

二、不同诉讼类型中的申请时间

1. 刑事诉讼：

   • 侦查阶段：自案件移送审查起诉之日起，犯罪嫌疑人及其辩护人有权申请侦查人员回避。
   • 审查起诉阶段：辩护人、诉讼代理人有权要求检察人员回避。
   • 审判阶段：开庭前或法庭调查开始前，当事人及其法定代理人可申请审判人员回避。若回避事由在庭审中发现，也可当庭提出。

2. 民事诉讼：

   • 根据《民事诉讼法》的相关规定，当事人若认为审判人员与案件存在利害关系，应在案件开始审理时（即首次开庭前）提出回避申请。若案件需延期开庭审理，也可在法庭辩论终结前提出。
   • 若在首次开庭后才发现回避事由，当事人仍可在法庭辩论终结前提出申请，但需提供充分证据支持回避理由。

3. 行政诉讼：

   • 行政诉讼法未明确规定回避申请时间，实践中通常参照民事诉讼法的相关规定，即在案件开始审理时或法庭辩论终结前提出。

三、特殊情形下的申请时间

• 全体回避：若法院全体人员与案件有利害关系，当事人可申请全体回避，此时案件可能需按指定管辖的规定由其他法院审理。这种情况下，申请回避的时间可能因案件的具体情况而有所不同，但通常应在发现全体回避事由后尽快提出。
• 命令回避：上级法院、检察院或公安机关发现下级存在需要回避的事由时，有权命令其回避。这种情况下，申请回避的时间由上级机关决定，但通常也会尽快进行以避免影响案件的公正处理。

四、注意事项

• 及时行使权利：当事人应密切关注案件进展，在法定期限内提出回避申请，逾期可能被视为放弃该权利。
• 提供充分证据：申请回避时需说明具体理由并提供相应证据，无正当理由的申请可能被驳回。
• 遵守程序规定：不同诉讼阶段的回避申请程序存在差异，当事人应根据具体情况选择正确的申请方式和时机。

建议：如果您在案件中发现了需要回避的情形，务必在法定期限内及时提出回避申请，并附上充分的证据和理由。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。