若被执行人有协商意愿但申请人不同意，执行程序通常会依原生效法律文书继续推进。以下是对此问题的详细分析：
一、执行和解的自愿性原则
执行和解是双方当事人在执行过程中，自愿就履行生效法律文书所确定的义务达成协议的行为。这一原则强调了双方的自愿性，即任何一方都不得强迫对方接受和解条件。因此，若申请人不同意被执行人的和解意愿，执行法院不会强迫申请人接受和解协议。
二、执行程序的继续推进
强制执行措施：在申请人不同意执行和解的情况下，执行法院会继续采取强制执行措施，以维护申请人的合法权益。这些措施包括但不限于查询、冻结、扣划被执行人的存款，查封、扣押、拍卖被执行人的财产等。
执行依据：执行法院会依据原生效法律文书，如判决书、裁定书等，来推进执行程序。这意味着，无论被执行人是否有协商意愿，只要申请人不同意，执行程序就会按照原法律文书的内容继续进行。
三、被执行人的权益保护
虽然执行程序会继续推进，但被执行人的合法权益同样受到法律保护。例如，被执行人可以提出执行异议，对执行行为或执行标的提出异议，以维护自己的合法权益。如果被执行人认为执行行为违反了法律规定，可以向负责执行的人民法院提出书面异议。
四、双方关系的处理
沟通协商：尽管申请人不同意执行和解，但双方仍可以通过沟通协商来寻求解决方案。这有助于缓解双方的对立情绪，为后续的执行工作创造有利条件。
法律途径：如果双方无法通过沟通协商达成一致，被执行人可以依法通过其他法律途径来维护自己的权益，如提出执行异议之诉等。
五、可能的法律后果
对被执行人的影响：如果被执行人拒绝履行生效法律文书所确定的义务，且没有提出有效的异议或申请，执行法院可能会采取更严厉的强制执行措施，如限制高消费、列入失信被执行人名单等。
对申请人的影响：对于申请人而言，如果执行程序能够顺利推进并成功实现债权，那么其合法权益将得到保障。然而，如果执行过程中遇到困难或被执行人采取消极抵抗行为，可能会影响执行效率和申请人的权益实现。
建议：
在处理此类问题时，建议双方保持冷静和理性，依法维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。