运输合同中约定在甲方公司所在地起诉，一般情况下不能随意更换到工程所在地起诉，但存在例外情形。以下从不同角度进行分析：

一、协议管辖的效力

根据《中华人民共和国民事诉讼法》第三十五条：“合同或者其他财产权益纠纷的当事人可以书面协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等与争议有实际联系的地点的人民法院管辖，但不得违反本法对级别管辖和专属管辖的规定”。在运输合同中，双方约定在甲方公司所在地起诉，这属于双方对管辖法院的明确约定，具有法律效力。因此，在一般情况下，双方应遵守该约定，到甲方公司所在地法院提起诉讼。

二、例外情形：约定管辖无效或可变更的情况

1. 约定管辖违反级别管辖或专属管辖规定：

   • 如果运输合同中的约定管辖违反了级别管辖或专属管辖的规定，那么该约定将无效。例如，如果合同纠纷应由中级人民法院管辖，但双方约定由基层人民法院管辖，则该约定无效。此时，当事人可以根据法律规定，选择有管辖权的法院提起诉讼。但这种情况在运输合同中较为少见，因为运输合同纠纷通常不涉及级别管辖或专属管辖的问题。

2. 约定管辖法院与争议无实际联系：

   • 虽然双方约定了管辖法院，但如果该法院与争议无实际联系，且另一方当事人提出异议，法院可能会认定该约定无效。然而，在运输合同中，甲方公司所在地通常与合同履行、签订等有一定的实际联系，因此这种情况也不太常见。

3. 双方协商一致变更管辖法院：

   • 如果双方能够协商一致，可以变更管辖法院。例如，双方可以签订补充协议，约定将管辖法院变更为工程所在地法院。这种情况下，变更后的管辖法院将对双方产生法律效力。

4. 存在法定管辖情形：

   • 在某些特殊情况下，即使合同中约定了管辖法院，也可能因法定管辖情形的出现而无法在该法院提起诉讼。例如，如果工程所在地是合同履行地，且符合法定管辖的条件（如被告在工程所在地有经常居所地等），那么当事人也可以选择在工程所在地法院提起诉讼。但这种情况需要具体分析合同内容和相关法律规定。

三、建议与风险提示

• 建议：在签订运输合同时，双方应充分考虑管辖法院的约定，确保约定合法、有效且便于双方履行和解决争议。如果希望在未来可能发生的纠纷中能够在工程所在地起诉，可以在合同中明确约定或签订补充协议进行变更。
• 风险提示：如果未经对方同意擅自变更管辖法院提起诉讼，可能会面临被法院驳回起诉或移送管辖的风险。因此，在变更管辖法院前，务必与对方进行充分沟通并达成一致意见。

如有进一步疑问或需要更具体的法律建议，请直接向我咨询。