对交通肇事责任认定有异议申请复核的公安机关，在符合法定条件时可以拘捕违法行为人。以下是对此问题的详细分析：

一、复核期间拘捕的法律依据

在交通肇事责任认定的复核期间，如果违法行为人涉嫌构成犯罪，且符合逮捕的法定条件，公安机关有权依法对其进行拘捕。这主要依据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，对于有证据证明有犯罪事实，可能判处徒刑以上刑罚的犯罪嫌疑人、被告人，采取取保候审、监视居住等方法，尚不足以防止发生社会危险性，而有逮捕必要的，应即依法逮捕。

二、复核期间拘捕的具体条件

1. 犯罪事实证据：必须有证据证明违法行为人涉嫌构成犯罪，这是逮捕的前提条件。
2. 可能判处徒刑以上刑罚：根据犯罪的性质和情节，违法行为人可能被判处徒刑以上刑罚。
3. 社会危险性：采取取保候审、监视居住等方法，尚不足以防止发生社会危险性。这通常意味着违法行为人可能继续实施犯罪行为、毁灭证据、干扰证人作证等。
4. 逮捕必要性：在综合考虑犯罪事实、证据、可能判处的刑罚以及社会危险性等因素后，认为有逮捕必要的。

三、复核期间拘捕的实践情况

• 重大或特大交通事故：在复核期间，如果交通事故属于重大或特大类型，且已经造成了比较严重的社会危害，公安机关更可能依法对涉嫌犯罪的违法行为人进行拘捕。
• 等待复核结果：对于一般交通事故，在复核期间，公安机关通常会等待复核结果出来后再决定是否提出逮捕请求。但这并不意味着在复核期间绝对不能拘捕，如果符合上述逮捕条件，公安机关仍有权依法进行拘捕。

四、法律建议

• 配合调查：如果因交通肇事责任认定有异议而申请复核，且在此期间被公安机关拘捕，建议违法行为人积极配合调查，如实陈述事实，提供相关证据。
• 依法维权：如果认为公安机关的拘捕行为违法或不当，可以依法向有关部门提出申诉或控告，维护自己的合法权益。

案例说明：假设某驾驶员因交通肇事被认定负主要责任，但其对责任认定有异议并申请了复核。在复核期间，如果公安机关发现该驾驶员有逃逸、伪造证据等涉嫌犯罪的行为，且符合逮捕条件，那么公安机关有权依法对其进行拘捕。

综上所述，对交通肇事责任认定有异议申请复核的公安机关，在符合法定条件时可以拘捕违法行为人。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。