公司员工因违章被扣钱是否合法，需分情况讨论：
一般情况下不合法
- 根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》等相关法律，用人单位没有直接对劳动者进行罚款的法定权利。罚款是行政处罚的一种，仅由国家特定的行政机关依法实施，企业并非行政机关，因此不具备罚款权。例如，若公司以员工上班迟到为由直接处以罚款，这种行为在法律上是缺乏依据的。
在一定条件下合法
- 公司可以基于合法有效的规章制度对违反规定的员工进行经济处罚，但该规章制度必须满足以下条件：
- 内容合法：规章制度必须严格遵守《劳动合同法》《工资支付暂行规定》等法律法规，不得有违反强制性规定的内容。例如，规定员工迟到一次扣除当月全部工资是违法的，但规定因故意或重大过失造成经济损失可从工资中扣除相应赔偿（且扣除后工资不低于最低工资标准）则是合法的。
- 制定程序合法：根据《劳动合同法》，单位在制定涉及劳动者切身利益的规章制度时，应经职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表平等协商确定，确保民主参与和决策。
- 公示或告知劳动者：单位应通过培训、发放员工手册、公告栏张贴等方式，确保劳动者充分知晓并理解相关规章制度。若员工在知晓规定的情况下违规，单位按规定扣钱即为合理。
- 扣钱行为合理：即使员工违规，单位扣钱的比例也应合理，不得超过《工资支付暂行规定》中规定的上限（即每月扣除部分不超过工资的20%，且扣除后剩余工资不低于当地最低工资标准）。
法律建议：
- 对于公司：在制定和执行规章制度时，应确保其内容的合法性和程序的正当性。对于员工的违规行为，公司应依法采取合适的处罚方式，如警告、记过、辞退等，避免采取违法的罚款措施。同时，公司应加强对员工的培训和教育，提高员工的纪律意识和法律意识，以维护公司的正常秩序和利益。
- 对于员工：在面对公司因违章而扣钱的情况时，应首先了解公司规章制度的具体内容，判断其是否合法合理。若认为扣钱行为存在不当之处，可及时与公司沟通协商，要求公司说明罚款依据并纠正不当行为。协商不成的，员工可以向劳动监察部门投诉，或者通过劳动仲裁等法律途径维护自身合法权益。
特殊情况与处理措施：
- 虽然用人单位不能直接对员工进行罚款，但如果员工因个人原因给用人单位造成经济损失，用人单位可以根据劳动合同的约定要求其赔偿相应的经济损失。此时，赔偿金额应合理，且不得违反法律法规的强制性规定。
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