连锁药店门店未从总部购药，主要违反了《中华人民共和国药品管理法》以及《药品经营质量管理规范》（GSP）的相关规定。以下是对此问题的详细分析：

一、违反《中华人民共和国药品管理法》

1. 法律依据：

   • 根据《中华人民共和国药品管理法》第五十五条，药品上市许可持有人、药品生产企业、药品经营企业和医疗机构应当从药品上市许可持有人或者具有药品生产、经营资格的企业购进药品。这一条款对药品购进渠道作了严格的义务性规定，超过合规界限的渠道将被视为“非法”。
   • 第一百二十九条进一步规定，违反本法规定，药品上市许可持有人、药品生产企业、药品经营企业或者医疗机构未从药品上市许可持有人或者具有药品生产、经营资格的企业购进药品的，责令改正，没收违法购进的药品和违法所得，并处违法购进药品货值金额2倍以上10倍以下的罚款；情节严重的，并处货值金额10倍以上30倍以下的罚款，吊销药品批准证明文件、药品生产许可证、药品经营许可证或者医疗机构执业许可证；货值金额不足5万元的，按5万元计算。

2. 法律后果：

   • 连锁药店门店未从总部购药，而是从其他非法渠道购进药品，将面临责令改正、没收违法购进的药品和违法所得，以及罚款等行政处罚。
   • 情节严重的，还可能被吊销药品经营许可证，对药店的经营造成重大影响。

二、违反《药品经营质量管理规范》（GSP）

1. 法律依据：

   • 《药品经营质量管理规范》对药品零售企业的采购行为作了明确规定，要求采购药品时应当向供货单位索取发票，并建立采购记录等。
   • 如果连锁药店门店未从总部购药，且未遵守GSP的相关规定，如未建立真实完善的购销记录，相关药品未能实现全程管控等，也将面临行政处罚。

2. 法律后果：

   • 根据新《药品管理法》的相关规定，药品经营企业未遵守药品经营质量管理规范的，责令限期改正，给予警告；逾期不改正的，处10万元以上50万元以下的罚款；情节严重的，处50万元以上200万元以下的罚款，责令停产停业整顿直至吊销药品经营许可证。

三、综合建议

1. 合规经营：

   • 连锁药店门店应严格遵守《中华人民共和国药品管理法》和《药品经营质量管理规范》的相关规定，确保从合法渠道购进药品。
   • 建立完善的采购和销售记录制度，实现药品的全程管控。

2. 加强内部管理：

   • 连锁药店应加强对门店的管理和监督，确保门店的采购行为符合法律法规的要求。
   • 定期对门店进行自查和整改，及时发现并纠正违规行为。

3. 寻求法律帮助：

   • 如果连锁药店在经营过程中遇到法律问题或困惑，应及时向我咨询，以便获得专业的法律意见和帮助。

总之，连锁药店门店未从总部购药是严重的违规行为，可能面临严厉的行政处罚。因此，药店应严格遵守相关法律法规，确保合规经营。如果有任何法律问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。