公司使用支付宝发工资在一定条件下是合法的，但需满足相关法律法规和合同约定。以下从合法性分析、需注意的问题以及综合建议三个方面进行详细阐述：
合法性分析
货币形式：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式支付。支付宝作为一种电子支付方式，其资金与法定货币挂钩，因此从货币形式角度看，通过支付宝发放工资是被允许的。
双方协商与合同约定：
- 用人单位和劳动者应就工资的支付方式进行协商，并在劳动合同中明确约定。若双方在合同中同意使用支付宝作为支付方式，则此方式合法。这意味着，只要双方达成一致，并且合同中有明确条款，使用支付宝发工资就是合法的。
需注意的问题
纳税合规性：
- 使用支付宝发工资时，企业需依法履行代扣代缴个人所得税的义务。未按规定进行税务申报或故意隐瞒员工收入以少缴税款，将构成违法行为，可能面临税务稽查、补缴税款、滞纳金及罚款等后果。因此，企业在使用支付宝发工资时，必须确保税务合规。
按时足额支付：
- 无论采用何种支付方式，企业都需按照约定的时间和金额足额支付工资，这是保障劳动者合法权益的基本要求。如果企业未能按时足额支付工资，将构成违法行为，劳动者有权依法维护自己的权益。
工资记录与证明：
- 企业应确保支付宝转账的工资支付记录清晰、完整，包括数额、发放时间、发放对象等关键信息。这些记录在劳动纠纷中可作为重要证据，证明企业已按约支付工资。同时，企业应向员工提供工资清单，列明工资构成、扣除项目等内容，以保障员工的知情权。
电子证据的保存与有效性：
- 在发生劳动争议时，支付宝转账记录可作为证明工资支付的证据。但需注意，电子证据的收集和保存需符合相关规定，确保其真实性和有效性。如果电子证据被篡改或无法验证其真实性，将可能影响其在劳动纠纷中的证明力。
劳动关系证明：
- 仅通过支付宝转账发放工资可能不足以证明劳动关系。建议企业在发放工资的同时，提供必要的劳动关系证明材料，如书面劳动合同、工作证、考勤记录等。这些材料可以进一步证明企业与劳动者之间的劳动关系，避免在劳动纠纷中因证据不足而处于不利地位。
综合建议
虽然公司使用支付宝发工资在一定条件下是合法的，但为了避免潜在的法律风险，建议企业和劳动者在选择工资支付方式时谨慎考虑，并遵守相关法律法规的规定。企业应确保工资支付方式的合规性、纳税的合法性、工资记录的完整性以及电子证据的有效性，同时提供必要的劳动关系证明材料，以全面保障双方的权益。如果企业在使用支付宝发工资过程中遇到任何法律问题或疑虑，可以直接向我咨询，我将提供专业的法律意见和帮助。