加班工资应计入经济补偿金的计算基数。以下从不同角度对此问题进行详细分析：

一、法律规定角度

根据相关法律规定，经济补偿金的计算基数是劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。这里的工资范畴较为广泛，依据国家有关规定或劳动合同的约定，以货币形式直接支付给本单位劳动者的劳动报酬都属于工资。具体来说，一般包括计时工资、计件工资、奖金、津贴和补贴、加班加点工资以及特殊情况下支付的工资等。由此可见，加班工资是劳动者劳动报酬的重要组成部分，在计算经济补偿金时应当纳入计算范围。

二、实际操作角度

在实际操作中，用人单位必须准确核算包含加班工资在内的各项工资收入，以保障劳动者依法获得合理的经济补偿。如果用人单位在计算经济补偿金时未将加班工资纳入计算范围，可能构成对劳动者权益的侵害，劳动者有权通过法律途径维护自己的合法权益。

三、特殊情况处理

虽然一般情况下加班工资应计入经济补偿金的计算基数，但也存在一些特殊情况。例如，如果劳动合同中对工资构成有清晰约定，并且加班工资有单独的核算及发放记录，那么在计算经济补偿金时，就需要按照合同约定以及实际的发放情况来准确计算。此外，不同地区对于加班工资如何准确计入经济补偿金可能存在一些差异，具体操作时还需结合当地的相关规定。

四、法律后果与建议

如果用人单位未依法将加班工资计入经济补偿金的计算基数，劳动者可以通过劳动仲裁等合法途径维权。在维权过程中，劳动者应提供充分的证据证明自己的加班情况以及应得的加班工资数额，以便仲裁机构或法院能够准确计算经济补偿金。

建议：

1. 劳动者在签订劳动合同时，应仔细阅读合同条款，特别是关于工资构成和经济补偿金计算的部分，确保自己的权益得到充分保障。
2. 用人单位在计算经济补偿金时，应严格按照法律规定执行，确保劳动者的合法权益不受侵害。
3. 如果发生劳动争议，双方应积极通过协商、调解等方式解决，以维护和谐的劳动关系。

综上所述，加班工资应计入经济补偿金的计算基数。在处理相关问题时，应结合法律规定、实际操作以及特殊情况等因素进行综合考虑。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。