关于甲方（施工单位）与乙方（员工或项目经理）签订的承包协议是否有效的问题，需分情况讨论：

1. 若承包协议内容合法，且双方具备相应民事行为能力，协议一般有效：

   • 法律依据：根据《民法典》的相关规定，民事法律行为有效需满足行为人具有相应的民事行为能力、意思表示真实、不违反法律或行政法规的强制性规定，以及不违背公序良俗。若甲方与乙方签订的承包协议满足这些条件，则协议有效。
   • 具体分析：在实际操作中，施工单位与其员工或项目经理签订承包协议，若协议内容明确、合法，且双方均具备签订协议的民事行为能力（如均为完全民事行为能力人），同时协议未违反法律法规的强制性规定，那么该协议是有效的。

2. 若承包协议存在违法情形，或一方不具备相应民事行为能力，协议可能无效：

   • 违法情形：若承包协议的内容违反了法律、行政法规的强制性规定，或者违背了公序良俗，那么该协议是无效的。例如，协议中约定了非法分包、转包等违法行为，或者约定了违反劳动法、建筑法等相关法律法规的条款。
   • 民事行为能力：若一方（如乙方）不具备签订协议的民事行为能力（如为限制民事行为能力人或无民事行为能力人），且未经其法定代理人同意或追认，那么该协议也是无效的。
   • 具体分析：在实际操作中，需要仔细审查承包协议的内容，确保其不违反法律法规的强制性规定。同时，也需要确认双方是否具备签订协议的民事行为能力。若存在违法情形或一方不具备相应民事行为能力，那么该协议可能面临无效的风险。

3. 若承包协议涉及内部承包，需特别注意协议性质和效力：

   • 内部承包定义：内部承包通常指的是企业与其内部员工或部门之间签订的承包协议，用于明确双方的权利和义务。在这种情形下，协议的性质和效力可能受到企业内部规章制度、劳动合同法等相关法律法规的影响。
   • 具体分析：若承包协议属于内部承包性质，那么需要特别注意协议是否违反了企业内部规章制度或劳动合同法的相关规定。例如，协议中是否约定了违反劳动法规定的加班、工资支付等条款。若存在此类问题，那么协议可能面临部分无效或全部无效的风险。

法律建议：

• 在签订承包协议前，双方应仔细审查协议内容，确保其合法、合规。
• 若对协议内容存在疑问或不确定，建议咨询专业律师进行法律审查。
• 在协议履行过程中，双方应严格遵守协议约定，避免产生纠纷。若发生纠纷，应及时通过法律途径解决。

可能法律后果：

• 若承包协议无效，双方可能面临返还财产、赔偿损失等法律后果。
• 若因协议无效导致工程无法顺利进行或产生其他损失，双方可能需要承担相应的法律责任。

因此，在签订和履行承包协议时，双方应谨慎对待，确保协议的合法性和有效性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。