结论：公司因员工早上5点上班迟到而罚款的行为，一般不合法，但需结合具体情况分析。以下从不同角度展开说明：

1. 从劳动合同与规章制度合法性角度

• 根据《劳动合同法》第四条，用人单位制定涉及劳动者切身利益的规章制度（如考勤、罚款），需经民主程序（如职工代表大会讨论）并公示或告知劳动者，否则无效。
• 若公司未履行上述程序，直接以“迟到罚款”为由扣减工资，属于违法克扣工资，劳动者可要求补发并主张赔偿。

2. 从罚款权限与金额限制角度

• 法律禁止企业随意罚款：根据《企业职工奖惩条例》（已废止）及现行《工资支付暂行规定》，用人单位仅在劳动者造成经济损失时，可按合同约定要求赔偿，且每月扣除部分不得超过工资的20%。
• “迟到罚款”本质违法：若公司以“迟到”为由直接罚款，而非因劳动者行为导致公司损失（如未按时到岗导致客户流失），则属于超越权限的处罚，劳动者有权拒绝。

3. 从特殊工时制度角度

• 若公司实行综合计算工时制或不定时工时制（需经劳动行政部门审批），可能调整工作时间，但需保障劳动者每日工作时间不超过8小时、平均每周不超过40小时，并支付加班费。
• 即使实行特殊工时制，公司仍需遵守最低工资标准，不得以“迟到”为由随意扣减工资。

4. 从劳动者维权途径角度

• 协商解决：可与公司沟通，要求出示合法有效的规章制度及罚款依据。
• 投诉举报：向当地劳动监察大队投诉（电话：12333），要求查处违法行为。
• 仲裁诉讼：若公司拒不改正，可申请劳动仲裁，主张补发工资、赔偿金等。

⚠️ 关键提醒：

• 保留证据：如考勤记录、工资条、罚款通知等，证明公司违法事实。
• 谨慎签字：对公司出具的“自愿接受罚款”等文件需谨慎，避免权利受损。

如有进一步疑问（如具体罚款金额、公司制度内容等），可直接向我咨询，我将结合细节为您分析。