在超过三年补写的借款合同上注明重新计算时效是合法的，但需满足一定条件。以下从不同角度为您详细分析：
一、法律背景与规定
根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。对于借款合同而言，如果原借款合同约定的还款期限已经超过三年，即原诉讼时效期间已经届满，那么债权人原本已经丧失了通过法律途径强制要求债务人还款的权利。然而，如果双方在此后补写了一份借款合同，并在合同中明确约定了新的还款期限以及重新计算诉讼时效的条款，这一约定在法律上是有效的。
二、重新计算时效的合法性分析
双方意思自治：
- 补写借款合同并重新约定诉讼时效，是双方当事人真实意思表示的体现。只要这一约定不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，就是合法的。
诉讼时效的中断与重新计算：
- 根据法律规定，诉讼时效可以因一定事由而中断，中断后重新计算。补写借款合同并明确约定新的还款期限，可以视为双方对原债权债务关系的重新确认，从而构成诉讼时效的中断事由。中断后，诉讼时效期间从新的还款期限届满之日起重新计算。
注意条款的明确性：
- 在补写的借款合同中，必须明确约定新的还款期限以及重新计算诉讼时效的条款。如果条款表述模糊或存在歧义，可能导致约定无效或引发争议。
三、实际操作中的建议
确保合同内容合法有效：
- 在补写借款合同时，应确保合同内容符合法律、行政法规的规定，不违背公序良俗。同时，合同条款应明确、具体，避免产生歧义。
保留相关证据：
- 在补写借款合同的过程中，应保留好相关证据，如合同文本、签字确认的书面材料等。这些证据在后续可能发生的纠纷中具有重要的证明作用。
及时行使权利：
- 即使补写了借款合同并重新约定了诉讼时效，债权人仍应及时行使权利，避免再次超过诉讼时效期间。如果债务人未按约定履行还款义务，债权人应及时通过法律途径维护自己的权益。
四、可能的风险与防范
债务人反悔的风险：
- 如果债务人反悔并拒绝履行补写借款合同中的义务，债权人可能需要通过法律途径解决纠纷。因此，在补写合同前，应充分评估债务人的信用状况和还款能力。
合同无效的风险：
- 如果补写的借款合同存在违反法律、行政法规的强制性规定或违背公序良俗的情形，可能导致合同无效。因此，在补写合同前，应仔细审查合同内容，确保其合法性。
总结来说，在超过三年补写的借款合同上注明重新计算时效是合法的，但需满足双方意思自治、诉讼时效中断与重新计算的条件，并确保合同内容合法有效、条款明确具体。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。