完工证明在主体工程完工后是可以开具的，且是合法的。以下是对此问题的详细分析：

一. 完工证明的定义与开具时机

完工证明通常是在工程施工完成后，由施工方出具的一份简单文件，用以表明工程的施工工作已经结束。它可能包含工程的基本信息、完工时间等较为简要的内容。因此，当主体工程完工后，施工方有权也有义务出具完工证明，以证明其已完成合同约定的施工任务。

二. 完工证明的合法性依据

虽然具体的法律法规中可能并未直接提及“完工证明”这一概念，但根据《中华人民共和国建筑法》等相关法律法规，施工单位在完成工程建设任务后，有义务向建设单位提交相关的工程竣工报告或证明文件。这些文件是确认工程是否完工、是否具备验收条件的重要依据。完工证明作为其中的一种形式，同样具有法律效力。

三. 完工证明与竣工验收的关系

需要注意的是，完工证明并不等同于竣工验收报告。竣工验收报告是一个更为全面和严格的文件，它不仅涵盖工程的完工情况，还包括对工程质量、功能、合规性等多方面的详细评估和审查。验收报告需要由建设单位组织相关各方（如设计单位、施工单位、监理单位等）共同参与，按照一定的标准和程序进行验收后出具。

然而，完工证明是竣工验收程序中的一个重要环节。在提交竣工验收报告之前，施工单位通常需要先提交完工证明，以证明其已完成合同约定的施工任务，并具备验收条件。因此，完工证明的开具是合法且必要的。

四. 开具完工证明的建议

1. 确定开具单位：完工证明一般由工程项目的施工单位负责开具。如果是分包工程，则应由相应的分包单位开具。
2. 编写证明内容：完工证明应包含工程项目的基本信息（如项目名称、地点、建设规模、开工时间、竣工时间等），并明确表述工程项目已经按照合同和设计要求完成全部施工内容。
3. 加盖公章：完工证明必须加盖开具单位的公章，以确保其真实性和有效性。
4. 提交相关材料：在申请开具完工证明时，可能需要提交一些相关材料（如施工合同、设计图纸等），以证明工程项目的完成情况。

我建议在主体工程完工后，施工单位应及时向建设单位提交完工证明，并按照相关法律法规和合同约定进行后续的竣工验收程序。如有进一步需要，您可以继续咨询我。