在借条纠纷中，笔迹鉴定的申请主体通常根据具体案情来分配，但大多数情况下由原告提出申请，特殊情况下由被告提出。以下是对这一问题的详细分析：

一、大多数情况下由原告提出申请

在民事诉讼中，原告作为主张权利的一方，需要就其提出的主张向人民法院提供证据予以证明，并对自己所提供证据的真实性、关联性、合法性负责。当原告提供借条作为证据，而被告不认可借条的真实性时，应视为原告没有完成举证责任。因此，原告需要对借条的真实性继续举证，故应由原告提出笔迹鉴定申请。

具体流程：

1. 申请时机：原告应在举证期限届满之前向法院提出笔迹鉴定的要求。
2. 提供材料：申请方需提供鉴定的检材及对比样本，这些材料需经对方质证。
3. 选定鉴定机构：双方协商选定或摇号选定鉴定机构进行鉴定。

二、特殊情况下由被告提出申请

当原告所提供的证据已经达到了证明借贷关系成立并履行生效的程度，或者有其他证据如录音、证人证言等证明借条系被告所书，即完成了举证责任时，如果被告仍然否认借条的真实性，那么此时应由被告申请笔迹鉴定。

被告的责任：

• 被告对原告提出的鉴定申请负有协助鉴定的义务，应如实提供自己的笔迹。
• 如果被告拒不按照人民法院的通知协助鉴定，人民法院可以此推定原告提供的借条是被告出具的案件事实存在，从而判令被告偿还所欠债务。

三、法院依职权决定启动笔迹鉴定程序

在实际操作中，法院也有权依职权决定启动笔迹鉴定程序。当案件事实真伪不明，且笔迹鉴定对查明案件事实至关重要时，即便双方当事人均未申请，法院也可主动安排鉴定，以保障案件公正裁决。

四、笔迹鉴定后的权利与义务

• 鉴定结果异议：双方当事收到鉴定意见后对鉴定结论有异议的，还可以申请重新鉴定。
• 法律后果：根据鉴定结果，法院将依法作出裁决。如果鉴定结果支持原告的主张，被告可能需要承担还款责任；如果鉴定结果不支持原告的主张，原告可能需要承担举证不能的法律后果。

建议：在借条纠纷中，无论是原告还是被告，都应积极配合法院的笔迹鉴定工作，如实提供相关证据和材料。同时，双方也可以考虑在诉讼前通过协商、调解等方式解决纠纷，以节省时间和成本。如果您在借条纠纷中遇到任何法律问题，都可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议。