针对您提出的问题，即两人制股份公司中一人要离职，而另一人一直不配合变更股权的情况，以下是我的详细分析和建议：
一、法律背景与股权变更原则
在股份公司中，股权的变更通常遵循公司章程和相关法律法规的规定。当股东决定离职时，其持有的股权应当按照公司章程或股东之间的协议进行转让或处理。如果另一股东不配合变更股权，这可能涉及到违反公司章程或股东协议的问题，同时也可能损害到离职股东的合法权益。
二、可能面临的法律后果与应对策略
违反公司章程或股东协议：
- 如果公司章程或股东协议中明确规定了股东离职时股权的处理方式，而另一股东不配合，则可能构成违约。
- 应对策略：离职股东可以依据公司章程或股东协议，向不配合的股东发出书面通知，要求其履行义务。如果对方仍不履行，可以考虑通过法律途径解决，如提起诉讼或申请仲裁。
损害离职股东合法权益：
- 另一股东的不配合可能导致离职股东无法及时获得股权转让的款项或无法顺利退出公司，从而损害其合法权益。
- 应对策略：离职股东可以收集相关证据，如公司章程、股东协议、股权转让协议等，证明自己的权益受到了损害，并向法院提起诉讼，要求对方承担违约责任或赔偿损失。
影响公司正常运营：
- 如果股权变更问题长期得不到解决，可能会影响公司的正常运营和决策效率。
- 应对策略：公司可以召开股东会或董事会，讨论并决定如何处理股权变更问题。如果必要，可以聘请专业律师或法律顾问协助处理，以确保公司的正常运营和股东的合法权益。
三、具体操作建议
协商解决：
- 首先，尝试与另一股东进行协商，了解其不配合的原因，并寻求双方都能接受的解决方案。
- 协商过程中，可以邀请公司其他股东或专业律师作为第三方参与，以增加协商的公正性和有效性。
发送律师函：
- 如果协商无果，可以委托律师向不配合的股东发送律师函，明确其法律义务和违约责任，并要求其在一定期限内履行义务。
提起诉讼或申请仲裁：
- 如果律师函发出后，对方仍不履行义务，可以考虑向法院提起诉讼或向仲裁机构申请仲裁。
- 在诉讼或仲裁过程中，需要准备充分的证据材料，如公司章程、股东协议、股权转让协议、协商记录等，以证明自己的主张。
考虑公司解散或股权回购：
- 如果股权变更问题无法得到解决，且对公司运营造成了严重影响，可以考虑通过公司解散或股权回购等方式来解决问题。
- 但这需要依据公司章程和相关法律法规的规定进行，并可能需要经过股东会或董事会的决议。
最后，我建议您在处理此类问题时，务必保持冷静和理性，遵循法律法规和公司章程的规定，通过合法途径来维护自己的权益。如果您在此过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。