总公司决定注销分公司时，员工仍需上班的情况，通常与分公司注销流程的阶段性特点及法律关系有关，但需分情况讨论：

一、分公司注销的阶段性特点：法律关系未立即终止

分公司作为总公司的分支机构，其注销需经历法定流程，包括成立清算组、清理债权债务、办理税务注销、工商注销等。在此过程中：

1. 法律主体资格存续：分公司注销登记完成前，其法律主体资格仍存在，但经营资格可能受限（如无法签订新合同）。此时，员工与分公司的劳动关系未自动终止，仍需履行工作职责。
2. 清算期间的必要性：清算组需接管分公司财产、处理未了结业务（如履行已签订合同、收回债权）。若员工参与清算工作（如财务、法务、行政），则需继续上班以完成清算任务。

示例：若分公司注销前已签订一份服务合同，清算组需安排员工履行合同义务直至完成，否则可能构成违约。

二、员工继续上班的合法性：需区分劳动关系状态

1. 劳动关系未解除：若分公司未与员工协商解除劳动合同，或未支付经济补偿，员工继续上班属于合法履行合同义务。此时，分公司仍需支付工资、缴纳社保。
2. 劳动关系已解除：若分公司已与员工协商一致解除合同，或依法支付经济补偿，员工继续上班可能缺乏法律依据。但实践中，部分分公司可能要求员工协助清算工作，此时需明确是否为临时用工关系，并协商报酬。

法律提示：根据《劳动合同法》第四十四条，用人单位决定提前解散的，劳动合同终止。但“终止”需以完成清算、注销登记为前提。在此之前，劳动关系仍存续。

三、员工权益保护：关注清算程序与经济补偿

1. 经济补偿权利：若分公司注销导致劳动合同终止，员工有权依据《劳动合同法》第四十六条、第四十七条获得经济补偿（按工作年限，每满一年支付一个月工资）。
2. 清算程序参与权：员工可作为债权人申报债权（如未结工资、加班费、经济补偿等），清算组应依法清偿。
3. 异议权：若分公司未依法支付经济补偿或清偿债务，员工可向劳动监察部门投诉，或申请劳动仲裁。

行动建议：

• 员工应要求分公司出具书面通知，明确劳动关系状态（继续履行/终止）及清算期间的工作安排。
• 保留工资条、劳动合同、工作记录等证据，以备维权。
• 若分公司拒不支付经济补偿，可依法申请劳动仲裁，主张赔偿。

四、特殊情形：分公司注销后的业务承接

若分公司注销后，其业务由总公司或其他关联公司承接，员工可能被安排至新公司工作。此时需注意：

1. 劳动关系转移：需与新公司重新签订劳动合同，否则原劳动关系仍与分公司（或总公司）存续。
2. 工龄连续计算：若新公司同意承接工龄，员工在原分公司的工作年限应连续计算，影响经济补偿、年休假等权益。

风险提示：若未签订新合同，员工可能面临“事实劳动关系”风险，建议明确书面约定。

总结与建议

总公司注销分公司时，员工仍需上班的原因可能包括：分公司注销流程未完成、清算工作需要、劳动关系未依法终止等。员工应：

1. 核实分公司状态：通过国家企业信用信息公示系统查询分公司是否已完成注销登记。
2. 要求书面说明：向分公司或总公司索要劳动关系处理方案及经济补偿计划。
3. 及时维权：若发现违法解除或拖欠补偿，立即申请劳动仲裁。

如有进一步疑问，可直接向我咨询，我将结合具体案情提供法律意见。