占99%股份的股东，在没有法人同意的情况下，一般不能直接变更法人，但可通过合法股东会决议推动变更。具体分析如下：

一、股东会决议是变更法人的前提

在有限责任公司中，股东会是公司的权力机构，负责决定公司的重大事项，包括选举和更换非由职工代表担任的董事、监事，以及决定有关董事、监事的报酬事项等。对于法人变更这一重要事项，通常需要由股东会会议作出决议。根据《公司法》的相关规定，代表三分之二以上表决权的股东通过相关决议后，可依法进行法人变更的一系列操作。因此，即使股东占股99%，也需通过股东会决议来推动法人变更，而不能单方面直接变更。

二、法人变更需遵循法定程序

法人变更不仅涉及股东决策，还需遵循法定程序。具体来说，需向登记机关提交相关申请材料，包括股东会决议、新任法人的身份证明等，经审核通过后完成变更登记，法人变更才正式生效。这一过程中，登记机关会对申请材料进行审查，确保变更的合法性和合规性。因此，即使股东占股99%，也需按照法定程序进行法人变更，而不能绕过这些程序。

三、特殊情况下的处理

1. 如果原法人拒绝配合：在这种情况下，占股99%的股东可以通过股东会决议，选举新的董事或监事，进而推动法人变更。如果原法人仍然拒绝配合，股东可以向法院提起诉讼，要求确认股东会决议的有效性，并强制执行法人变更。
2. 如果公司章程有特别规定：有些公司章程可能对法人变更的程序或条件有特别规定。在这种情况下，占股99%的股东需遵循公司章程的规定，通过相应的程序来推动法人变更。

四、法律建议

1. 在推动法人变更前，应仔细研究公司章程和相关法律法规，确保变更的合法性和合规性。
2. 与原法人进行充分沟通，尽量通过协商解决问题，避免不必要的法律纠纷。
3. 如果无法通过协商解决问题，可以寻求专业法律帮助，通过法律途径来推动法人变更。

在实际操作中，建议占股99%的股东在推动法人变更前，咨询专业律师，以确保变更的顺利进行。如果有任何法律问题，也可以直接向我咨询。