结论：医疗机构科室若存在未注册医师执业的情况，卫生行政部门有权依据相关法律法规对该科室采取停业整顿等行政处罚措施，但需严格遵循法定程序。以下从法律适用、处罚主体、程序要求三个维度展开分析：
1. 法律适用性：未注册医师执业属违法行为
根据《中华人民共和国医师法》第十三条、第五十九条：
- 未注册执业的违法性：医师需经注册取得《医师执业证书》后，方可按照注册的执业地点、执业类别、执业范围从事相应的医疗、预防、保健活动。未注册医师擅自执业的，属于违法行为。
- 处罚依据：对医疗机构使用未注册医师的，卫生行政部门可依据《医师法》第五十九条，责令限期改正，给予警告，并可处一万元以上十万元以下的罚款；情节严重的，吊销医疗机构执业许可证或者责令停止执业活动。停业整顿属于“责令停止执业活动”的范畴，是法律赋予的行政处罚手段之一。
2. 处罚主体：针对医疗机构而非医师个人
- 科室停业整顿的实质：若科室存在系统性使用未注册医师的情况（如多名医师未注册、长期违规执业），卫生行政部门可认定该科室的执业行为违反法律法规，进而对科室采取停业整顿措施。但需注意，处罚对象是医疗机构，而非科室本身（科室无独立法律人格）。
- 例外情形：若仅个别医师未注册，且医疗机构能及时整改（如立即停止该医师执业、补办注册手续），则可能仅对医师个人处罚（如罚款、暂停执业），而非直接停业整顿科室。
3. 程序要求：必须依法定程序实施
根据《行政处罚法》及卫生行政处罚程序规定：
- 调查取证：卫生行政部门需先调查核实未注册医师的执业事实（如查验执业证书、询问当事人、调取诊疗记录等）。
- 告知与听证：作出停业整顿决定前，应告知医疗机构陈述、申辩权；符合听证条件的（如处罚较重），应组织听证。
- 决定与执行：作出停业整顿决定后，需书面送达医疗机构，并明确停业期限、整改要求等。
实务建议
- 医疗机构：应严格核查医师注册情况，建立动态管理机制，避免因个别医师违规导致科室或机构被处罚。
- 患者或监管部门：若发现未注册医师执业，可向当地卫生健康委员会举报，由其依法调查处理。
- 争议解决：若对停业整顿决定不服，医疗机构可在收到决定书之日起60日内申请行政复议，或6个月内提起行政诉讼。
提示：医疗合规涉及《医师法》《医疗机构管理条例》《行政处罚法》等多部法律，具体案件需结合证据和地方规定综合判断。如有进一步疑问，可直接向我咨询。