公司计算赔偿金时，不应以非正常工资为准，而应以员工在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资为计算基准。以下是对此问题的详细分析：
一、法律依据
根据《中华人民共和国劳动合同法》第四十七条的规定，经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，以每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。这里的“月工资”是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。这一规定明确了赔偿金（经济补偿）的计算基准，即应以员工正常工作状态下的平均工资为准。
二、非正常工资的定义与影响
非正常工资可能包括因病假、事假、产假等原因导致的工资减少，或者因加班、奖金等原因导致的工资增加。这些情况下的工资并不能真实反映员工的正常收入水平。如果以非正常工资为准计算赔偿金，可能会导致赔偿金数额的不公平。例如，若以病假期间的低工资为准，员工可能无法获得应有的补偿；若以加班期间的高工资为准，则可能给公司带来过重的负担。
三、特殊情况下的处理
月工资高于当地平均工资三倍的情况：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第四十七条第二款的规定，如果劳动者月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的，向其支付经济补偿的标准按职工月平均工资三倍的数额支付，向其支付经济补偿的年限最高不超过十二年。这种情况下，虽然计算基数有所调整，但仍然是以一个相对公平、合理的标准来确定的，而非随意以非正常工资为准。
员工在劳动合同解除或者终止前十二个月内存在非正常工作状态：
- 如果员工在劳动合同解除或者终止前十二个月内存在非正常工作状态（如长期病假、事假等），导致工资水平异常，此时应如何计算赔偿金呢？根据相关法律规定和司法实践，通常会对这十二个月的工资进行合理调整，以排除非正常工作状态对工资水平的影响，从而得出一个相对公平、合理的平均工资作为计算赔偿金的基准。
四、法律建议
对于员工：
- 在签订劳动合同时，应仔细阅读合同条款，特别是关于经济补偿和赔偿金的规定。
- 在劳动合同解除或者终止时，如果发现公司以非正常工资为准计算赔偿金，可以与公司进行协商，要求按照法律规定重新计算。
- 如果协商无果，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，维护自己的合法权益。
对于公司：
- 在计算赔偿金时，应严格遵守法律规定，以员工在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资为计算基准。
- 如果员工存在非正常工作状态导致工资水平异常的情况，应合理调整工资水平以排除异常影响。
- 避免以非正常工资为准计算赔偿金而引发劳动争议和法律风险。
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