结论前置：在等待医疗期延长鉴定结果的两个月期间，工资计算方式需依据具体情况确定，主要分为以下两种情况：

1. 医疗期未满且企业未解除劳动合同
   根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，医疗期内企业不得解除劳动合同，且需按当地规定支付病假工资。具体标准如下：

   • 病假工资基数：通常为本人工资的70%-100%（具体比例由地方规定，如上海为不低于本人工资的60%，且不得低于最低工资标准的80%）。
     
   • 计算周期：若医疗期未满（如原医疗期为3个月，但尚未用完），企业需按病假工资标准支付至鉴定结果出具前。
     
   • 例外情形：若企业已按法定程序解除劳动合同（如医疗期满后不能从事原工作），则无需支付此期间工资，但需支付经济补偿金。

2. 医疗期已满但等待鉴定结果
   若原医疗期已届满，但因申请延长需等待鉴定结果，此时工资支付需结合地方规定：

   • 部分地区规定：如北京、上海等地明确，医疗期满后因病情需要继续休养的，企业需按病假工资标准支付至鉴定结果出具前。
     
   • 无明确规定地区：若地方无特殊规定，企业可能按事假处理（不支付工资），但此做法存在法律风险，建议企业与员工协商或按病假工资标准支付。
     
   • 鉴定结果影响：若鉴定结果同意延长医疗期，则此期间工资应补发；若拒绝延长，企业可能无需补发，但需依法终止劳动合同。

关键提示：

• 地方性法规对病假工资比例、医疗期计算等有细化规定（如广东、江苏等地），需结合当地政策执行。
  
• 企业单方面停发工资可能构成违法，员工可通过劳动仲裁主张权益。
  
• 建议企业与员工签订书面协议，明确等待鉴定期间的工资支付标准，避免纠纷。

如有进一步疑问（如具体地区政策、企业操作合规性等），可直接向我提问。