若双方签订的协议被另一方拿走，您可以按照以下步骤来处理：
友好沟通并留存证据：
- 首先，尝试与对方进行友好沟通，明确提出返还属于自己那份协议的要求。在沟通时，建议通过短信、微信等文字形式进行，这样可以留存证据，以便后续可能出现的情况作为依据。
- 说明协议双方各自持有一份是保障权益及协议完整性的基本要求，强调返还协议的必要性。
收集其他证明材料：
- 如果沟通没有效果，对方拒绝返还协议，那么您需要收集其他能够证明协议关系存在的证据。
- 这些证据可以包括聊天记录、邮件往来、交易凭证、交付货物的单据、会议纪要等。这些材料能辅助证明双方达成的约定内容，即使没有协议原件，也能在一定程度上证明协议关系。
关注协议履行情况并准备维权：
- 在收集证据的同时，应密切关注协议的履行情况。留意对方是否按照协议约定行事，若发现对方有违约迹象，及时收集相关证据。
- 若后续因协议履行出现纠纷且协商不成，您可以凭借之前收集的证据向法院提起诉讼，通过法律途径维护自身合法权益。在这个过程中，一定要注意保存好证据原件，保证其真实性和完整性，这样才能在诉讼中更有胜算。
可能涉及的法律后果与建议：
- 如果对方无正当理由拒绝返还协议，且其行为严重损害了您的权益，您有权依据《民法典》等相关法律法规，要求对方承担违约责任或赔偿损失。
- 在处理此类纠纷时，建议保持冷静和理性，避免采取过激行为。通过合法途径来维护自己的权益是最为稳妥和有效的方式。
额外建议：
- 为了避免类似情况再次发生，建议在签订协议时，双方可以约定协议的份数以及各自持有的方式，并在协议中明确约定如果一方丢失或拒绝返还协议应承担的责任。
- 在日常业务往来中，也要注重证据的保存和整理，以便在需要时能够迅速提供有力的证据支持。
如果您在处理此类问题时遇到任何困难或疑问，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供更为详细和专业的法律建议。