若执业药师在医疗机构被罚款，可按以下步骤处理：

1. 确认罚款依据与合法性
   首先需核实罚款的法律依据（如《药品管理法》《执业药师法》或地方性法规），确认执法主体是否合法（如药监局、卫生健康委等）。若罚款依据不足或程序违法（如未出具书面处罚决定、未告知复议/诉讼权利），可依法提出异议。

2. 分析罚款原因并针对性应对

   • 违规配药/用药：若因超范围配药、未审核处方等被罚，需立即整改流程，并提交整改报告争取从轻处理。
     
   • 证件问题：如未注册、挂证等，需补办手续或终止违规行为，避免重复处罚。
     
   • 其他违规行为：根据具体事由（如未履行药事管理职责）采取补救措施。

3. 行政复议或诉讼途径
   若对罚款金额或事实认定有异议，可在收到处罚决定书后60日内申请行政复议，或6个月内直接提起行政诉讼。需准备证据材料（如现场检查记录、整改证明等）支持主张。

4. 内部整改与合规建设
   医疗机构应完善药事管理制度，加强执业药师培训，定期自查合规性，避免同类问题再次发生。

提示：具体处理需结合罚款通知书内容，建议提供相关文书后进一步分析。若有疑问，可直接向我咨询细节。