公司注册后第一年没做年报被罚款是合法的。以下是对此结论的详细解释：

1. 法律依据：根据《中华人民共和国公司法》、《企业信息公示暂行条例》等相关法律法规，企业应当在规定的时间内向工商行政管理部门报送年度报告，以公示其经营情况。这是企业的法定义务，必须履行。

2. 年报的重要性：年报是企业向外界展示其经营状况、财务状况等重要信息的方式，也是政府部门对企业进行监管的重要手段。通过年报，政府可以了解企业的经营状况，进而进行相应的政策调整和市场监管。

3. 罚款的合理性：如果企业未按照规定报送年报，将构成违法违规行为，工商行政管理部门有权依法对企业进行罚款等行政处罚。这是为了维护市场秩序，保障公平竞争，同时也是对企业不履行法定义务的一种惩戒。

4. 特殊情况说明：虽然一般情况下未做年报会被罚款，但也可能存在特殊情况，如企业因故未能及时报送年报，且能及时补报并说明合理原因，可能有机会减轻或免除处罚。然而，这并不意味着企业可以随意忽视年报的报送义务。

综上所述，公司注册后第一年没做年报被罚款是合法的，这是基于法律法规的规定和企业应尽的法定义务。因此，建议企业务必重视年报的报送工作，确保按时、准确地完成年报的报送，以避免不必要的法律风险和损失。