针对已法院判决确认的工程款，被告认为超付的情况下，应选择审判监督程序而非另案起诉。以下从不同角度对此问题进行分析：

一、审判监督程序的角度

1. 法律依据：

   • 根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，当事人对已经发生法律效力的判决、裁定，认为有错误的，可以向上一级人民法院申请再审（即审判监督程序）。

2. 适用情形：

   • 在本案中，被告认为法院判决确认的工程款存在超付情况，即认为原判决存在错误。这种情况下，被告有权通过审判监督程序申请再审，请求法院对原判决进行审查并纠正可能的错误。

3. 程序优势：

   • 审判监督程序是针对已生效判决的救济途径，能够直接对原判决进行审查并作出处理。如果被告的再审申请得到支持，法院将撤销或变更原判决，从而解决超付问题。

二、另案起诉的角度

1. 法律依据与限制：

   • 另案起诉通常适用于新的法律关系或事实。然而，在本案中，工程款问题已经由法院判决确认，即已存在生效的法律文书。因此，另案起诉可能面临“一事不再理”的原则限制，即同一事实和法律关系不得重复起诉。

2. 程序风险：

   • 如果被告选择另案起诉，可能会面临法院不予受理或驳回起诉的风险。因为法院可能认为该问题已经由生效判决解决，无需再次审理。

3. 效率与成本：

   • 另案起诉需要重新进行立案、审理等程序，这将耗费更多的时间和成本。相比之下，审判监督程序更为高效和直接。

三、综合建议

1. 优先选择审判监督程序：

   • 鉴于审判监督程序能够直接对原判决进行审查并作出处理，且符合法律规定的救济途径，建议被告优先选择该程序。

2. 准备充分的再审申请材料：

   • 被告在申请再审时，应准备充分的证据材料，以证明原判决存在错误。这包括但不限于工程款计算依据、合同条款、支付凭证等。

3. 咨询专业律师：

   • 在申请再审过程中，被告可以咨询专业律师以获取法律帮助和指导。律师将能够协助被告准备再审申请材料、参与再审程序等。

总结来看，针对已法院判决确认的工程款，被告认为超付的情况下，应选择审判监督程序而非另案起诉。这既符合法律规定的救济途径，也能够更高效、直接地解决问题。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。