结论：合同约定运费但发票开具为材料，可能涉及税务风险及合同违约问题，需根据具体情况判断合法性。

1. 税务合规性角度
   根据《中华人民共和国发票管理办法》第十九条，销售方开具发票的内容应与实际交易相符。若合同明确约定运费，但发票开具为“材料”，可能导致：

   • 税款计算错误：运费与材料适用的增值税税率可能不同（如运费一般适用9%，材料可能适用13%），虚增材料成本可能影响进项税额抵扣；
     
   • 税务稽查风险：税务机关可能以“票货不符”为由，要求补缴税款、滞纳金，甚至认定为偷税行为。
     

2. 合同履行角度
   根据《中华人民共和国民法典》第五百零九条，当事人应按照约定全面履行义务。若合同明确约定运费，但实际结算为材料款，可能构成：

   • 违约行为：收款方未按合同约定提供服务（如运输），却以材料款名义收款，买方有权要求按合同履行或赔偿损失；
     
   • 合同变更争议：若双方未协商一致变更合同内容，单方修改结算方式可能无效，需通过补充协议确认。
     

3. 实务建议

   • 短期处理：若已发生此类情况，建议立即与对方沟通，签订补充协议明确费用性质，或重新开具合规发票；
     
   • 长期预防：在合同中明确约定“发票类型及内容需与实际交易一致”，并约定违约责任（如赔偿税务损失）；
     
   • 证据留存：保存合同、运输单据、沟通记录等证据，以备争议时主张权利。
     

提示：若涉及大额交易或复杂交易结构，建议进一步提供合同条款、交易背景等细节，以便更精准分析风险。如有疑问，可直接向我咨询。