结论：合同中的运输费是否可以合并到机器价款中一起开票，需根据具体交易性质、合同约定及税法规定综合判断，以下分情况说明：

1. 若运输费属于机器价款的组成部分（如“货交承运人”条款）
   根据《增值税暂行条例》及实施细则，若运输费是销售方为将货物交付买方而必须发生的成本（如销售方负责运输至买方指定地点），且合同明确约定运输费包含在总价款中，则可合并开具增值税专用发票，税率与机器相同（通常为13%）。此时运输费被视为“价外费用”，需计入销售额计税。

2. 若运输费由独立第三方提供（如买方自行委托运输）
   若运输服务由买方直接与物流公司结算，或销售方仅代收代付运输费，则运输费属于独立服务，应由实际承运方开具运输服务发票（税率通常为9%）。此时销售方仅需就机器价款开票，运输费部分不可合并，否则可能涉及虚开发票或税率适用错误风险。

3. 合同约定与税务处理的衔接要点

   • 合同条款明确性：建议在合同中单独列明运输费金额及承担方（如“运输费由卖方承担，包含在总价款XX元中”），避免模糊表述导致税务争议。
     
   • 发票开具合规性：若合并开票，需确保运输费与机器价款在同一张发票上分项列明，并适用正确税率；若分开开票，需保留运输合同、付款凭证等证明运输服务独立性的材料。
     
   • 税务风险防范：若运输费实际由买方承担但销售方合并开票，可能被税务机关认定为“少计销售额”或“混淆税率”，需承担补税、滞纳金甚至罚款责任。

建议：

• 交易前与买方明确运输责任及费用承担方式，并在合同中固定；
  
• 开票前核对税法规定及当地税务机关执行口径，必要时咨询主管税务局；
  
• 保留运输合同、物流单据、付款记录等证据，以备税务检查。
  

如有进一步细节（如运输方式、合同条款等），可提供更多信息以便更精准分析。