结论：员工能否申请两次仲裁需分情况讨论，关键在于两次申请是否基于不同法律关系或独立请求，且需符合仲裁时效与受理条件。

1. 若两次申请基于不同法律关系或独立请求，可分别申请仲裁
   根据《劳动争议调解仲裁法》第二条，劳动争议范围包括确认劳动关系、劳动合同履行、社保待遇等。若社保缴纳抬头与劳动合同抬头不一致的问题，涉及两个独立法律关系（如劳动合同主体与社保缴纳主体分离导致权益受损），员工可分别就不同争议申请仲裁。

   • 示例：劳动合同与A公司签订，但社保由B公司缴纳，且B公司未足额缴纳社保。此时，员工可就“未签书面劳动合同”（针对A公司）与“未依法缴纳社保”（针对B公司）分别申请仲裁，但需证明两公司存在关联或共同责任。
     
   • 关键点：两次申请需有独立请求权基础，且不违反“一事不再理”原则（即同一事实和法律关系不得重复仲裁）。

2. 若两次申请基于同一事实和法律关系，可能被驳回
   若员工已就“社保缴纳与合同主体不一致”问题申请仲裁，且仲裁委已作出实体裁决（如认定公司需补缴社保），则员工不得以相同事实和请求再次申请仲裁，否则可能因“重复申请”被驳回。

   • 例外：若首次仲裁未处理全部请求（如仅处理了工资争议，未处理社保），员工可就未处理部分再次申请。

3. 实务建议：合并主张权利，避免程序风险
   为提高效率、降低风险，建议员工在首次仲裁时一次性主张所有相关权利，例如：

   • 同时要求确认劳动合同主体与社保缴纳主体的法律关系；
     
   • 要求补缴社保、支付经济补偿（如因社保问题被迫离职）等。
     若已错过合并主张时机，需在仲裁时效内（通常1年）提出新申请，并确保新申请与原申请无实质重叠。

温馨提示：社保与合同主体不一致可能涉及“未依法缴纳社保”“未签书面劳动合同”等多项违法情形，建议整理劳动合同、社保记录、工资流水等证据，明确争议焦点后再申请仲裁。如有具体案件细节，可进一步向我咨询。