结论前置：公司制度中规定对员工进行大额罚款是否合法，需分情况讨论。

1. 从罚款的法律依据角度分析
   根据我国现行法律，公司无权自行设定罚款制度。原《企业职工奖惩条例》（已废止）曾赋予企业一定罚款权，但现行《劳动法》《劳动合同法》及《工资支付暂行规定》均未赋予用人单位罚款权。用人单位直接以规章制度形式规定对员工进行大额罚款，缺乏法律依据，属于违法条款。

2. 从规章制度合法性要件角度分析
   即便公司通过民主程序制定规章制度，若内容违反法律强制性规定（如设定罚款），该条款仍属无效。根据《最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律问题的解释（一）》第五十条，用人单位制定的内部规章制度与集体合同或者劳动合同约定的内容不一致，劳动者请求优先适用合同约定的，人民法院应予支持。因此，即使规章制度经民主程序制定，若与法律冲突，亦不能作为处罚依据。

3. 从特殊情形角度分析
   需注意两种特殊情形：

• 专项培训服务期违约金：若公司为员工提供专项培训费用并约定服务期，员工违反服务期约定时，公司可要求支付违约金，但违约金数额不得超过公司提供的培训费用，且不得超过服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用。
  
• 竞业限制违约金：若员工违反竞业限制约定，公司可要求支付违约金，但违约金数额需符合公平原则，过高部分法院可酌情调整。
  此两种情形不属于“罚款”性质，而是违约责任承担方式。

1. 从实务操作角度分析
   实践中，部分公司通过“绩效扣分”“奖金扣减”等方式变相实现罚款目的。若此类措施实质上构成对员工财产的非法剥夺（如扣减金额与考核指标无合理关联），仍可能被认定为违法。建议员工保留工资条、考核表等证据，必要时通过劳动仲裁维护权益。

建议：若您所在公司存在大额罚款制度，可先核查该制度是否经职工代表大会或全体职工讨论通过、是否公示告知、罚款金额是否合理。如认为制度违法，可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。如有具体案例，可直接向我咨询细节。