针对您提出的“市场主体违法已注销怎么处理”的问题，这是一个涉及法律程序和市场主体注销后责任承担的复杂问题。以下是我为您提供的详细解答：

一、市场主体注销的法律背景

市场主体注销登记是市场主体因解散、被宣告破产或其他法定事由需要终止时，依法向登记机关申请注销登记的过程。注销后，市场主体的主体资格消灭，原则上不能以该主体名义从事任何民事法律行为。然而，在注销过程中，若市场主体存在违法行为并试图通过注销逃避法律责任，则需依法进行特殊处理。

二、违法市场主体注销后的处理原则

1. 调查终止的适用条件：

   • 根据《生态环境行政处罚办法》等相关规定，案件调查终止主要适用于行政相对人主体灭失，且无其他市场主体承受其权利义务的情况。
   • 但若市场主体在行政执法调查阶段恶意注销以逃避法律责任，则案件调查不应终止。

2. 恶意注销的法律后果：

   • 若市场主体在立案调查前或采取行政强制措施前已注销，且无权利义务承受人，案件调查可进入终止程序。
   • 若在立案调查后或采取行政强制措施后、尚未作出行政处罚决定前已注销，且存在恶意注销行为（如提供虚假材料、作出虚假承诺等），则生态环境部门不能以行政相对人主体已灭失为由终止案件调查。
   • 此时，行政机关可发函市场主体登记机关申请撤销注销登记，并对恶意注销的行为人依法予以行政处罚。

三、具体处理措施

1. 中止调查与恢复调查：

   • 在市场主体登记机关作出撤销注销登记决定前，生态环境部门可依据相关规定对案件予以中止调查。
   • 待市场主体登记机关作出处理决定后，再恢复进一步调查处理。

2. 预防恶意注销的措施：

   • 生态环境部门在调查环节，可通过调查询问通知书、调查询问笔录或责令改正决定书等文书，告知行政相对人本案已处于立案调查状态，以预防当事人简易注销登记后辩称不知晓有关立案调查情况。

3. 法律责任的承担：

   • 对于个体工商户，其注销后由经营者依法承担责任，不影响案件后续调查处理。
   • 对于法人或其他组织，若存在未经依法清算即注销、提交虚假材料办理注销登记等行为，相关责任人（如股东、清算组成员等）需承担相应的法律责任。

四、建议与提示

1. 市场主体应依法注销：

   • 市场主体在注销前应严格履行清算程序，确保债权债务得到妥善处理。
   • 避免通过提供虚假材料、作出虚假承诺等方式恶意注销以逃避法律责任。

2. 行政机关应加强监管：

   • 行政机关在立案调查过程中应密切关注市场主体的注销情况，及时发现并处理恶意注销行为。
   • 加强与市场主体登记机关的沟通协调，共同打击恶意注销行为。

3. 公众应增强法律意识：

   • 公众应了解市场主体注销的相关法律规定和法律责任，避免因无知而触犯法律。
   • 在发现市场主体存在违法行为并试图通过注销逃避法律责任时，应及时向相关部门举报。

综上所述，对于违法市场主体已注销的情况，行政机关应根据具体情况依法进行处理，确保违法行为的法律责任得到追究。同时，市场主体、行政机关和公众都应增强法律意识，共同维护市场秩序和法律尊严。