在仲裁程序中，被申请人原则上不能直接两次提出管辖异议，但可通过特定程序间接实现两次表达意见的机会。具体分析如下：

1. 首次提出管辖异议的时机与限制

根据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关仲裁规则，被申请人对仲裁管辖权有异议的，必须在首次提交答辩状期间提出。这是法律明确规定的唯一一次直接提出管辖异议的机会。若未在此期间提出，通常视为放弃异议权利，后续不得再以管辖问题为由阻碍仲裁程序。

例外情形：若被申请人因不可抗力或其他正当理由未能在答辩期内提出异议，可向仲裁委员会申请延期，但需严格证明延误的合理性，且仲裁委员会有权决定是否受理。

2. 对首次裁定不服的救济途径

若被申请人对仲裁委员会关于管辖异议的裁定不服，可通过上诉或申诉程序间接实现“第二次”表达意见的机会：

• 上诉：在民事诉讼中，当事人对一审管辖裁定不服的，可在裁定书送达之日起10日内向上一级法院上诉。仲裁程序虽不直接适用“上诉”制度，但部分仲裁规则允许对管辖裁定提出复议或申请撤销，具体需参考仲裁机构规则。
• 申诉（审判监督程序）：若仲裁裁决存在严重程序违法（如违反专属管辖），当事人可依据《仲裁法》向法院申请撤销裁决，此时管辖问题可能成为审查要点之一。

关键点：这两种途径并非直接“第二次提出管辖异议”，而是对首次裁定的救济，且需满足法定条件（如时限、理由充分性）。

3. 实践中的操作建议

• 首次异议需谨慎：被申请人应在答辩期内全面审查仲裁协议效力、仲裁机构管辖范围，确保异议理由充分（如合同无仲裁条款、仲裁机构选择违法等）。
• 利用救济程序：若首次异议被驳回，需及时评估是否符合上诉/申诉条件，避免错过时限。例如，在民事诉讼中，逾期上诉将丧失权利。
• 应诉答辩的后果：若被申请人未提管辖异议且参与仲裁程序（如提交证据、参加庭审），可能被视为接受管辖，后续再提异议难度极大。

4. 仲裁与诉讼的差异

需注意，仲裁程序对管辖异议的审查通常比诉讼更灵活，但规则因仲裁机构而异。例如：

• 中国国际经济贸易仲裁委员会（CIETAC）规则：明确要求管辖异议应在首次答辩期内提出，逾期不受理。
• 地方仲裁机构规则：可能允许对管辖裁定提出复议，但需以书面形式且附新证据。

总结：被申请人不能直接两次提出管辖异议，但可通过首次异议+救济程序（上诉/申诉）间接实现两次表达意见的机会。建议严格把握答辩期时限，并在异议被驳回后及时评估救济可行性。如有具体案件，可进一步提供细节，我将为您分析操作路径。