针对您提出的“公司被非法注销可以起诉关联公司怎么处理”这一问题，我会从法律程序、责任认定及实际操作三个层面为您详细解答。
一、法律程序层面
确定管辖法院：
通常，此类案件由被告住所地人民法院管辖，即关联公司（或股东、董事等责任主体）的住所地法院。
准备起诉材料：
- 撰写起诉状，明确原告、被告信息，诉讼请求（如要求关联公司承担清偿责任）及事实理由（如公司被非法注销的具体情况）。
- 收集证据，包括但不限于公司注销文件、清算报告（如有）、债权债务关系证明、关联公司参与非法注销的证据等。
立案与审理：
- 将起诉材料提交给管辖法院立案庭，法院审核后，符合立案条件的予以受理并通知缴纳诉讼费。
- 法院安排开庭时间，双方当事人参加庭审，进行举证、质证、辩论等环节。
判决与执行：
- 法院根据庭审情况作出判决。若判决关联公司承担责任，而关联公司不履行，可申请法院强制执行。
二、责任认定层面
非法注销的情形：
- 若公司未经依法清算即办理注销登记，导致公司无法进行清算，债权人可主张有限责任公司的股东、股份有限公司的董事和控股股东，以及公司的实际控制人对公司债务承担清偿责任。
- 若公司通过虚假清算等方式恶意注销，逃避债务，债权人可向法院申请将已注销公司的股东、出资人或主管部门等列为被告，要求其承担清偿责任。
关联公司的责任：
- 如果关联公司参与了非法注销行为，如协助提供虚假清算报告、隐瞒债务等，那么关联公司也可能被认定为责任主体，需对公司债务承担清偿责任。
三、实际操作建议
收集证据：
- 重点收集公司注销过程中的违法违规证据，如未依法清算的证明、虚假清算报告的复印件或照片、关联公司参与注销的沟通记录等。
- 同时，收集债权债务关系的证明，如合同、交易记录、发票等。
咨询专业律师：
- 此类案件涉及法律程序复杂，责任认定难度大，建议咨询专业律师，获取法律意见和诉讼策略。
考虑和解或调解：
- 在诉讼过程中，如果关联公司愿意承担责任或提出和解方案，可以考虑接受和解或调解，以节省诉讼成本和时间。
关注执行情况：
- 如果法院判决关联公司承担责任，要密切关注执行情况，确保判决得到有效执行。
综上所述，公司被非法注销后起诉关联公司，需要从法律程序、责任认定及实际操作三个层面进行综合考虑和准备。希望这些建议能对您有所帮助。如果您在具体操作过程中遇到难题，建议及时咨询专业律师。