与股份公司建立特约合作单位是合法的。以下从不同角度为您详细分析：
合法性基础
合同自由原则：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，民事主体从事民事活动，应当遵循自愿原则，按照自己的意思设立、变更、终止民事法律关系。这意味着，只要双方自愿且意思表示真实，不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，就可以签订特约合作协议，建立特约合作单位关系。
公司法相关规定：
- 股份公司作为独立的法人实体，有权根据自身经营需要，与其他市场主体建立各种形式的合作关系，包括特约合作。这种合作并不违反公司法的任何规定，只要合作内容合法、合规，且不损害公司、股东及债权人的利益。
合法性要件
为了确保与股份公司建立特约合作单位的合法性，您需要注意以下几点：
合作协议内容合法：
- 合作协议应明确双方的权利和义务，包括合作范围、合作期限、收益分配、违约责任等条款。这些条款应符合法律法规的规定，不得含有违法或违规的内容。
双方资质合规：
- 确保您和股份公司都具备从事合作业务的合法资质。例如，如果合作涉及特定行业或领域，可能需要取得相应的行政许可或资质证书。
遵守相关法律法规：
- 在合作过程中，应严格遵守国家法律法规的规定，包括但不限于税收法规、反不正当竞争法、消费者权益保护法等。不得利用合作关系进行违法活动或损害第三方利益。
潜在风险及防范
尽管与股份公司建立特约合作单位是合法的，但仍存在一些潜在风险，需要您注意防范：
合同风险：
- 合作协议可能存在条款不明确、不完整或存在歧义的情况，导致双方在合作过程中产生纠纷。因此，在签订合作协议前，应仔细审查协议条款，确保协议内容明确、具体、无歧义。
经营风险：
- 合作业务可能受到市场变化、政策调整等因素的影响，导致经营不善或亏损。因此，在合作前应进行充分的市场调研和风险评估，制定合理的经营计划和风险控制措施。
法律风险：
- 如果合作过程中涉及违法活动或损害第三方利益的行为，可能会面临法律制裁或民事赔偿。因此，在合作过程中应严格遵守法律法规的规定，确保合作行为的合法性和合规性。
建议：在与股份公司建立特约合作单位前，建议您咨询专业律师或法律顾问的意见，对合作协议进行法律审查，确保合作行为的合法性和合规性。同时，在合作过程中应密切关注市场动态和政策变化，及时调整经营策略和风险控制措施。如果您有任何法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。