在非法经营案件中，员工工资是否需要退还，需视具体情况而定。以下是对这一问题的详细分析：

一、员工对非法经营行为不知情的情况

1. 工资性质：若员工并不知晓所在单位从事非法经营活动，且在工作中仅履行正常工作职责，那么其工资通常不应被要求退还。这是因为员工是基于合法的劳动付出获得报酬，不应因他人的非法经营行为而遭受损失。
2. 法律依据：根据相关法律规定，对于与非法经营行为无直接关联、未用于违法活动的资金，如员工的正常工资，司法机关一般不会予以追缴。

二、员工对非法经营行为知情且参与的情况

1. 工资性质：若员工知晓所在单位从事非法经营活动仍参与其中，其通过该行为获取的工资可能会被认定为违法所得的一部分，司法机关有权予以追缴。这是因为其工资来源与非法经营活动紧密相连，参与非法经营本身违反法律规定，相应报酬不应被法律所保护。
2. 法律后果：员工若明知单位从事非法经营仍积极参与，可能面临工资被追缴的情况。此外，如果员工在非法经营中起到关键作用，如参与经营决策、直接实施非法经营行为等，还可能被认定为共同犯罪，并根据其在犯罪中的作用量刑。

三、特殊情况的处理

1. 非法经营所得已被挥霍：若非法经营所得已被挥霍无法退还，员工可能需要承担相应责任。这取决于员工在非法经营中的具体角色和过错程度。
2. 赃款赃物的处理：对于非法经营中涉及的赃款赃物处理，也会影响员工工资的退还问题。如果员工的工资被认定为赃款的一部分，那么可能需要退还。

四、建议与措施

1. 及时沟通：员工应及时与司法机关沟通，配合调查，以明晰自身权益状况。这有助于员工了解自己的法律地位和可能面临的法律后果。
2. 保留证据：员工应保留与工作相关的证据，如劳动合同、工资单等，以证明自己的合法劳动付出和应得报酬。
3. 寻求法律帮助：如果员工对工资退还问题存在疑问或争议，可以寻求专业律师的法律帮助，以维护自己的合法权益。

总结来看，非法经营案件中员工工资是否需要退还，取决于员工对非法经营行为的主观认知、参与程度以及工资的性质。员工应及时与司法机关沟通，配合调查，并保留相关证据以维护自己的合法权益。如果您在此方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。