针对学生请假逾期不归的惩罚问题，需结合教育法规、学校规章制度及学生权益保护原则综合分析。以下是具体处理建议：

1. 法律框架：教育机构无权直接处罚，但可依规处理

根据《教育法》《普通高等学校学生管理规定》等，学校对学生有管理权，但不得实施体罚、侮辱人格或侵犯财产的处罚。处理方式需以教育引导为主，结合校规执行。

2. 常见处理措施（需符合校规程序）

（1）批评教育

• 形式：口头警告、书面检讨、班主任/辅导员谈话。
• 依据：校规中“违反考勤制度”的条款。
• 注意：需保留谈话记录或学生签字的检讨书作为证据。

（2）纪律处分

• 分级处理：
  • 警告/严重警告：首次或情节较轻（如逾期1-2天）。
  • 记过/留校察看：多次违规或情节严重（如逾期超3天、隐瞒真实原因）。
  • 开除学籍：仅限极端情况（如长期失联、涉嫌违法）。
• 程序要求：
  • 需经学生陈述申辩、系部审核、学校批准等流程。
  • 处分决定应书面送达学生，并告知申诉权利。

（3）考勤与成绩关联

• 扣减平时分：若校规明确“缺勤影响成绩”，可按比例扣分。
• 取消考试资格：仅限严重旷课（如缺勤达课程总学时1/3以上）。

3. 特殊情况处理

（1）因不可抗力逾期（如突发疾病、自然灾害）

• 处理原则：应免除或减轻处分，要求学生提供证明材料（如医院诊断书）。
• 操作建议：辅导员主动联系学生或家长核实情况。

（2）涉嫌违法或犯罪（如参与传销、诈骗）

• 处理流程：
  1. 立即报案并配合公安机关调查。
  2. 根据警方结论，按校规给予纪律处分（如开除）。
  3. 保留相关法律文书作为处理依据。

4. 风险提示：学校需避免的违法行为

• 禁止行为：
  • 罚款或变相收费（如“逾期费”）。
  • 公开学生隐私信息（如张贴处分公告）。
  • 限制人身自由（如扣押证件、禁止离校）。
• 法律后果：学生可向教育主管部门投诉，或通过诉讼主张权利。

5. 建议流程

1. 核实原因：通过家长、同学或警方确认学生动向。
2. 依规处理：根据校规分级处分，确保程序合法。
3. 教育跟进：处分后安排心理辅导或学业帮扶，避免矛盾激化。

总结：学校应优先通过沟通、教育、制度约束处理逾期不归问题，纪律处分需严格遵循校规和法律程序。若涉及复杂情况（如学生权益受损或法律风险），可直接向我咨询具体方案。