核心结论：若工资中被扣罚款超过2000元，需根据罚款性质、劳动合同约定及法律规定综合判断合法性，并采取相应措施。以下是具体分析：

1. 先判断罚款的合法性

• 法律依据：根据《工资支付暂行规定》第十六条，用人单位仅在劳动者因本人原因给单位造成经济损失时，可按劳动合同约定要求赔偿，且每月扣除部分不得超过劳动者当月工资的20%（若扣除后剩余工资低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付）。
• 非法罚款情形：若罚款与劳动者过错无关（如未完成业绩指标、未达标等非经济损失情形），或未在劳动合同中明确约定，则属于违法克扣工资。

2. 若罚款合法但金额超限

• 计算扣除上限：假设月工资为10000元，20%即2000元。若罚款超过2000元，超出部分违法。
• 处理方式：
  1. 与单位协商：要求单位退还超额部分，并调整后续扣除金额。
  2. 投诉举报：向当地劳动监察大队投诉（需提供工资条、劳动合同等证据）。
  3. 申请仲裁：若协商无果，可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求补发工资并赔偿损失。

3. 若罚款完全违法

• 常见情形：单位以“罚款”名义变相克扣工资（如迟到罚款、未穿工装罚款等），且未造成实际经济损失。
• 处理方式：
  1. 书面异议：向单位提出书面异议，要求立即停止违法行为并补发工资。
  2. 投诉仲裁：同步向劳动监察部门投诉或申请仲裁，主张全额返还罚款并可能要求赔偿。
  3. 证据固定：保留工资条、罚款通知、劳动合同等证据，以备维权使用。

4. 特殊情形：经济赔偿的合法扣除

• 条件：需同时满足：
  1. 劳动者存在重大过失或故意行为；
  2. 单位能证明实际经济损失；
  3. 劳动合同中有明确约定；
  4. 每月扣除不超过工资20%且不低于最低工资标准。
• 示例：若员工因疏忽导致单位损失5000元，月工资10000元，则每月最多扣除2000元，分3个月扣完（假设无其他扣除项）。

5. 维权建议

• 步骤：
  1. 收集证据：工资条、罚款通知、劳动合同、单位规章制度等；
  2. 协商沟通：优先与单位协商，明确法律依据；
  3. 投诉仲裁：若协商无果，7日内向劳动监察部门投诉或1年内申请仲裁；
  4. 诉讼准备：对仲裁结果不服的，可15日内向法院起诉。
• 注意事项：避免因情绪激动与单位发生冲突，保留所有书面沟通记录。

总结：工资被扣罚款超过2000元时，需先判断罚款是否合法及是否超限。若违法或超限，可通过协商、投诉、仲裁等途径维权。如有疑问，可直接向我咨询具体案件处理方案。