针对您提出的“同居分开后，商标注册人的商标被配偶侵权了怎么办”的问题，以下是我的详细解答：

1. 明确侵权性质与证据收集

   • 首先，需要明确配偶的侵权行为具体是什么，比如是未经许可使用了商标、销售了假冒商标商品，还是其他形式的侵权。
   • 收集证据是关键。这包括但不限于：侵权商品的照片或实物、销售记录、广告宣传资料、与配偶的沟通记录（如短信、邮件、聊天记录等），以及任何能证明配偶侵权行为和侵权范围的材料。

2. 评估商标权属与同居期间财产关系

   • 确认商标是否确实属于您个人所有，且注册时间在同居关系开始之前或明确为个人财产。如果商标是在同居期间注册，但明确约定为个人财产，也需有相应证据支持。
   • 同居期间，若未形成法律上的婚姻关系，则财产一般不视为共同财产。但需注意，如果双方有共同经营、共同投入等行为，可能涉及复杂的财产分割问题，这可能影响商标侵权的认定和处理。

3. 法律途径解决

   • 协商解决：在证据充分的情况下，可以尝试与配偶进行协商，要求其停止侵权行为，并赔偿因此造成的损失。
   • 发送律师函：如果协商无果，可以委托律师向配偶发送律师函，正式警告其停止侵权行为，并保留追究法律责任的权利。
   • 提起诉讼：若配偶仍不停止侵权，可以向法院提起民事诉讼，要求配偶停止侵权、赔偿损失，并可能要求法院确认商标权属。在诉讼过程中，需充分展示证据，证明配偶的侵权行为和您的损失。

4. 考虑商标保护策略

   • 除了针对当前侵权行为的法律行动外，还应考虑加强商标的保护策略，如加强商标监测、及时对假冒商标商品进行投诉和打击、完善商标使用和管理制度等。

5. 特殊情况下的处理

   • 如果同居期间双方有共同经营行为，且商标使用与共同经营密切相关，那么处理起来可能更为复杂。此时，可能需要先通过协商或诉讼解决双方之间的财产分割问题，再明确商标的权属和使用权。

法律建议：

• 在处理此类问题时，务必保持冷静和理性，避免情绪化决策。
• 及时咨询专业律师，确保法律行动的合法性和有效性。
• 保留好所有相关证据，以便在需要时提供证明。

可能后果：

• 如果配偶被认定侵权，可能需要承担停止侵权、赔偿损失等民事责任。
• 如果侵权行为严重，还可能涉及刑事责任（如假冒注册商标罪等），但这种情况相对较少见，且需要具体证据支持。

总结：面对同居分开后商标被配偶侵权的问题，关键在于明确侵权性质、收集充分证据、评估商标权属与同居期间财产关系，并通过协商、律师函或诉讼等法律途径解决。同时，加强商标保护策略也是预防未来侵权的重要措施。如果您有任何进一步的问题或需要具体的法律帮助，请直接向我咨询。