当您发现您注册的商标被别人申请了版权时，这确实是一个需要谨慎处理的问题。以下是一些详细的步骤和建议，帮助您应对这种情况：

一、明确对方版权申请的审批状态

首先，您需要了解对方版权申请的当前状态。如果对方的版权申请尚未获得批准，您可以在规定的时间内向版权登记机构提出异议，通过相关程序阻止其获得版权。

二、收集证据，证明商标权益

无论对方版权申请的状态如何，您都应该开始收集证据来证明您对商标的权益。这些证据包括但不限于：

• 商标注册证书：证明您对商标的合法权利。
• 商标使用证据：如商品包装、宣传资料、销售合同等，证明您已经在先使用并有一定影响力。
• 商标设计证据：如设计草图、设计思路等，证明商标的原创性。

三、根据具体情况采取不同措施

1. 若对方版权申请在商标注册之后：

   • 您可以向版权登记机构提出异议，并详细说明情况，要求其审查对方版权的合法性。
   • 如果异议不成立，您可以考虑通过法律途径维护自己的权益，包括向法院提起诉讼。

2. 若对方版权申请在商标注册之前：

   • 如果您能证明自己在先使用商标并有一定影响力，可以通过商标评审委员会撤销对方的不利主张。
   • 同时，您也可以尝试与对方协商，看是否能够达成和解或版权转让协议。

3. 若对方已获得版权：

   • 您可以从商标法的角度寻找救济办法，如通过商标异议、无效宣告请求等程序来维护自己的权益。
   • 如果行政程序无法解决问题，您可以考虑向法院提起诉讼，要求确认对方版权无效，并要求其承担停止侵权、赔偿损失等民事责任。

四、注意法律程序的时效性

在处理这类问题时，您需要注意法律程序的时效性。例如，提出异议、提起诉讼等都有一定的时间限制。因此，您应该尽快采取行动，以免错过维权的机会。

五、寻求专业法律帮助

如果您在处理这个问题时感到困惑或不确定如何操作，建议您寻求专业的法律帮助。律师可以为您提供专业的法律意见和指导，帮助您更好地维护自己的权益。

总之，当您发现注册的商标被别人申请了版权时，不要慌张。通过明确对方版权申请的审批状态、收集证据、根据具体情况采取不同措施以及注意法律程序的时效性和寻求专业法律帮助等方法，您可以有效地维护自己的商标权益。