一份标书中设置两个评分标准是否合法，需结合具体情形判断，不能一概而论。以下分情况说明：

1. 若两个评分标准均合法且不冲突，则合法
   例如，招标文件中明确规定“技术分（40分）+商务分（60分）”，其中技术分包含“方案可行性（20分）”“技术先进性（20分）”，商务分包含“报价合理性（30分）”“售后服务（30分）”。只要两个评分标准的设置符合《招标投标法》及行业规范（如无歧视性条款、未违反公平原则），且评分细则清晰可量化，则属于合法操作。

2. 若两个评分标准存在冲突或违法情形，则不合法

   • 冲突情形：如同时规定“以最低价中标”和“综合评分最高者中标”，导致评分逻辑矛盾，可能被认定为违法。
     
   • 违法情形：若评分标准中包含“要求投标人注册地在本市”“设置特定品牌倾向”等歧视性条款，或违反《招标投标法》第十九条（“招标人不得以不合理的条件限制或者排斥潜在投标人”），则属于违法行为。
     
   • 程序违法：若未在招标文件中明确公示两个评分标准，或评分标准在开标后临时修改，也构成违法。

建议：

• 招标方需确保评分标准公开透明（在招标文件中明确列明）、合法合规（不违反反垄断法、招标投标法等）、可量化操作（避免主观性过强的条款）。
  
• 投标方若发现评分标准违法，可向行政监督部门（如发改委、财政部门）投诉，或通过法律途径主张权利。
  

如有具体标书条款或行业背景，可进一步提供细节，我会为您详细分析。