针对您提出的“虚开发票立案前已做进项税额怎么处理”的问题，这确实是一个涉及税务法律和实务操作的复杂问题。以下是我为您提供的详细解答：
首先，我们需要明确的是，虚开增值税专用发票罪所保护的法益是国家税收管理制度。当发生虚开增值税专用发票的行为时，如果涉及的税款在公安机关刑事立案之前已经被补缴，那么对于这部分税款的处理，实务中确实存在不同的理解和做法。
一种观点认为： 如果虚开的增值税专用发票在立案前已经进行了进项税额转出，且未造成国家税款的实际损失，那么这部分税额应当从犯罪数额中予以扣除。这种观点主要基于保护国家税收管理制度的考虑，认为只有实际造成国家税款损失的金额才应作为犯罪金额进行评价。例如，在李某某虚开增值税专用发票案、王某虚开增值税专用发票案以及杨某某虚开增值税专用发票案中，法院均采纳了这种观点，对立案前已补缴或转出的税款进行了核减。
然而，另一种观点则认为： 虚开增值税专用发票经税务部门认定后抵扣税款，即已造成了国家税款的损失。事后补缴税款的行为是犯罪行为终了之后挽回国家税款损失的补救行为，可以在量刑上从轻考虑，但不影响涉案税额的认定，不应予以扣除。例如，在江苏B塑业有限公司、姜某某虚开增值税专用发票案以及某某等虚开增值税专用发票案中，法院就未采纳将立案前补缴的税款从犯罪数额中扣除的观点。
综合来看： 对于虚开发票立案前已做进项税额的处理，并没有一个统一的、绝对的标准。它可能因案件的具体情况、法院的裁判理念以及税务法律的解释而有所不同。因此，在实际操作中，建议您：
最后，需要强调的是，虚开增值税专用发票是一种严重的违法行为，不仅可能面临刑事处罚，还可能对企业的声誉和经营造成严重影响。因此，建议您务必遵守相关税务法律法规，避免涉及此类违法行为。