若发现单位在系统里将员工考勤作假，员工可采取以下措施维护自身权益：

1. 收集证据
   首先需固定单位考勤作假的证据，包括但不限于：

   • 原始考勤记录（如打卡记录、系统截图）与实际出勤情况不符的对比材料；
     
   • 同事证言（如有其他员工知晓作假情况）；
     
   • 沟通记录（如与HR或上级讨论考勤问题的邮件、聊天记录）；
     
   • 工资条或考勤扣款记录（若因考勤作假导致工资异常）。
     

2. 与单位协商
   可先通过内部渠道（如HR、工会或直接上级）提出异议，要求单位更正考勤记录并说明理由。协商时需注意：

   • 书面提出异议（如邮件或书面函件），保留送达证据；
     
   • 明确要求单位在合理期限内回复并纠正错误；
     
   • 若单位拒绝，可要求出具书面拒绝理由。
     

3. 向劳动监察部门投诉
   若协商无果，可向当地劳动保障监察大队投诉，提交证据材料并说明情况。劳动监察部门有权：

   • 调查单位考勤记录的真实性；
     
   • 要求单位限期整改；
     
   • 对违法行为（如伪造考勤）处以罚款。
     

4. 申请劳动仲裁
   若考勤作假导致工资扣减、未休年假补偿等经济损失，可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，主张：

   • 补发被克扣的工资；
     
   • 支付未休年假工资；
     
   • 赔偿因考勤作假导致的其他损失（如绩效奖、晋升机会等）。
     

5. 注意时效与程序

   • 劳动仲裁时效为1年，自知道或应当知道权益受损之日起计算；
     
   • 投诉或仲裁前需确保证据充分，避免因证据不足败诉；
     
   • 若单位以考勤作假为由解除劳动合同，需审查解除程序是否合法（如是否提前通知、是否支付赔偿金）。
     

风险提示：

• 考勤作假可能涉及单位管理违规，但员工需避免自行篡改或伪造证据，否则可能承担法律责任；
  
• 若单位行为涉嫌恶意克扣工资或违法解除，员工可同时主张经济补偿或赔偿金。
  

如有进一步疑问或需协助处理具体案件，可直接向我咨询。