公司财产被没收后，仍需赔偿员工赔偿金。以下从不同角度为您详细分析：
一、法律责任独立性
公司财产被没收，通常是因为公司违反了相关法律法规，如税务违法、走私等，这属于公司对国家的法律责任。而员工赔偿金，则是基于公司与员工之间的劳动关系，当公司违反劳动合同或相关劳动法规，如未支付工资、未缴纳社保、违法解除劳动合同等，公司需要承担的对员工的法律责任。这两种责任在法律上是独立的，公司财产被没收并不免除其对员工的赔偿责任。
二、赔偿金支付来源
公司剩余财产：
- 即使公司财产被部分或全部没收，如果公司仍有剩余财产（如未被没收的资产、应收账款等），这些财产应优先用于支付员工赔偿金。
股东或关联方责任：
- 在某些情况下，如果公司财产不足以支付赔偿金，且股东或关联方存在过错（如抽逃出资、未履行出资义务等），员工可能有权要求股东或关联方在未出资范围内承担补充赔偿责任。
保险或第三方担保：
- 如果公司购买了相关保险（如雇主责任险），或存在第三方为公司提供担保，员工可能有权向保险公司或第三方主张赔偿。
三、实际操作建议
收集证据：
- 员工应首先收集与赔偿相关的证据，如劳动合同、工资单、解除劳动合同通知等，以证明公司存在违法行为及自己应得的赔偿金额。
协商与调解：
- 员工可以尝试与公司进行协商或调解，看是否能达成赔偿协议。这有助于快速解决纠纷，减少诉讼成本。
申请劳动仲裁或提起诉讼：
- 如果协商或调解无果，员工可以向当地劳动仲裁机构申请劳动仲裁，或直接向人民法院提起诉讼，要求公司支付赔偿金。
关注公司财产状况：
- 在诉讼过程中，员工应关注公司的财产状况，如发现公司有转移、隐匿财产等行为，应及时向法院申请财产保全，以确保赔偿金的执行。
四、特殊情况考虑
公司破产：
- 如果公司因财产被没收等原因导致破产，员工应作为债权人参与破产程序，按照法定顺序申报债权并参与分配。在这种情况下，员工可能无法获得全额赔偿，但仍有权按照破产法规定获得一定比例的清偿。
刑事责任与民事责任并存：
- 如果公司因违法行为被追究刑事责任，同时存在对员工的民事赔偿责任，这两种责任并不冲突。公司应同时承担刑事责任和民事责任。
总结与建议：公司财产被没收后，仍需赔偿员工赔偿金。员工应积极收集证据，通过协商、调解、劳动仲裁或诉讼等方式维护自己的合法权益。同时，关注公司财产状况，确保赔偿金的执行。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。