针对您提出的“租房押金全部扣除，但是还有违约金合法吗以及如何处理”的问题，我们可以从以下几个方面进行详细解答：
一、押金与违约金的法律性质
押金：押金通常是为了担保债务的履行而预先交付的一定金额。在租房合同中，押金主要用于保障房屋及其设施的完好，以及租户按时支付租金等义务。若租户违约或造成房屋损坏，房东有权从押金中扣除相应金额作为补偿。
违约金：违约金是合同一方违反合同约定时，按照合同约定或法律规定向对方支付的一定数额的金钱。它是对违约行为的一种惩罚性或补偿性规定。
二、押金全部扣除与违约金并存的合法性
合同有明确约定：如果租房合同中明确约定了押金作为违约金的支付方式，并且约定了具体的扣除条件和数额，那么在租户违约的情况下，房东有权按照合同约定扣除全部押金作为违约金。但这种情况下，通常不会再额外要求租户支付其他违约金，除非合同中有特别约定。
合同无明确约定：如果合同中没有明确约定押金作为违约金的支付方式，或者约定的违约金不足以弥补房东的实际损失，那么房东在扣除押金后，可能还有权要求租户支付额外的违约金或赔偿损失。但这种情况下，违约金的数额应当合理，不能过分高于违约所造成的实际损失。
三、如何处理
查看合同条款：首先，您需要仔细查看租房合同中的相关条款，特别是关于押金和违约金的约定。如果合同中有明确约定，那么按照合同执行即可。
与房东协商：如果合同中没有明确约定，或者您对合同条款有疑问，您可以与房东进行协商，尝试达成一个双方都能接受的解决方案。
寻求法律帮助：如果协商无果，或者您认为房东的行为违反了法律规定，您可以寻求法律帮助。您可以咨询律师，了解您的权利和义务，以及可能的法律途径。
注意证据收集：在整个过程中，您需要注意收集相关证据，如租房合同、付款凭证、房屋损坏照片等，以便在需要时证明您的主张。
四、法律依据
根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金。如果约定的违约金低于造成的损失，人民法院或仲裁机构可以根据当事人的请求予以增加；如果约定的违约金过分高于造成的损失，人民法院或仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。
综上所述，租房押金全部扣除与违约金并存是否合法，取决于租房合同中的具体约定。如果合同中有明确约定，那么按照合同执行；如果没有明确约定，则需要根据实际情况和法律规定来处理。在处理过程中，建议您保持冷静，与房东进行友好协商，并在必要时寻求法律帮助。