结论：在合同纠纷中，关于时效中断后3年内两次开庭分别计算时效并重新分别中断时效的问题，这一做法并不合法，时效中断后应重新计算一个统一的诉讼时效期间，而非分别计算。

法律分析：

1. 时效中断的基本概念：

   • 时效中断是指在诉讼时效期间内，因发生一定的法定事由，致使已经经过的时效期间统归无效，待时效中断的事由消除后，诉讼时效期间重新起算。

2. 时效中断的法定事由：

   • 根据《中华人民共和国民法典》及相关司法解释，权利人向义务人提出履行请求、义务人同意履行义务、权利人提起诉讼或者申请仲裁等，均属于时效中断的法定事由。

3. 两次开庭与时效中断的关系：

   • 在合同纠纷中，如果发生时效中断的事由（如提起诉讼），则诉讼时效期间应重新起算。但这里的“重新起算”是指从时效中断的事由消除之日起，重新计算一个完整的诉讼时效期间，而非针对每次开庭或每次法律程序分别计算。
   • 两次开庭是同一诉讼程序中的不同阶段，它们共同构成了一个完整的诉讼过程。因此，时效中断后应重新计算一个统一的诉讼时效期间，该期间应覆盖整个诉讼过程，包括所有开庭阶段。

4. 分别计算时效的非法性：

   • 如果允许针对每次开庭分别计算时效并重新中断时效，将导致诉讼时效制度的不确定性增加，损害法律关系的稳定性。同时，这也与诉讼时效制度的立法目的相悖，即促使权利人及时行使权利，避免法律关系长期处于不确定状态。

法律建议：

• 在合同纠纷中，一旦发生时效中断的事由（如提起诉讼），应确保从时效中断的事由消除之日起重新计算一个统一的诉讼时效期间。
• 权利人应密切关注诉讼时效的进展，确保在诉讼时效期间内行使权利，避免因时效过期而丧失胜诉权。
• 如果对诉讼时效的计算或应用存在疑问，建议及时咨询专业律师以获取准确的法律意见。

可能的法律后果：

• 如果错误地认为两次开庭可以分别计算时效并重新中断时效，可能导致权利人错过行使权利的时机，进而丧失胜诉权。
• 在诉讼过程中，如果对方提出时效抗辩，且法院认定权利人的请求已过诉讼时效期间，则权利人的请求将不会被支持。