针对您提出的“协议主体不适格又付款怎么办”的问题，我们可以从法律角度和实际操作层面进行详细分析。
首先，从法律角度来看，协议主体不适格通常意味着签订协议的一方或双方不具备签订该协议的法律资格或能力。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，一个有效的民事法律行为需要满足几个条件，其中包括行为人具有相应的民事行为能力。如果协议主体不适格，那么该协议可能被视为无效或部分无效。
当协议被确认无效后，根据《民法典》第一百五十七条的规定，行为人因该无效行为取得的财产应当予以返还。这意味着，如果不适格的主体已经收到了付款，那么他们有义务将这笔款项返还给付款方。如果财产不能返还或没有必要返还（例如，已经消耗或转化为其他形式），那么应当进行折价补偿。
此外，如果因协议无效给对方造成了损失，有过错的一方应当赔偿对方由此所受到的损失。如果双方都有过错，那么应当各自承担相应的责任。
在实际操作层面，如果您发现协议主体不适格且已经付款，您可以采取以下步骤：
与对方沟通：首先，尝试与对方进行友好沟通，说明协议主体不适格的情况，并要求对方返还已支付的款项。
收集证据：在沟通过程中，务必保留好所有相关的证据，如付款凭证、协议文本、沟通记录等，以备不时之需。
寻求法律帮助：如果对方拒绝返还款项或双方无法就赔偿事宜达成一致，您可以考虑寻求法律帮助，如咨询律师或向法院提起诉讼。
关注法律时效：请注意，法律对于诉讼时效有一定的规定。因此，在发现协议主体不适格并决定采取法律行动时，请务必关注相关法律时效，以免错过维权时机。
综上所述，如果协议主体不适格且已经付款，您有权要求对方返还已支付的款项，并可以根据实际情况要求对方赔偿因此造成的损失。在处理此类问题时，请务必保持冷静、理性，并遵循法律程序进行维权。