被告若认为立案时提交的证据存在问题，可以从以下几个方面进行应对和处理：
证据提交的规范性问题：
- 原件与复印件：根据法律规定，立案时当事人需提供证据的原件和复印件。原件用于核对，核对后退还当事人，复印件则入卷留存。若被告认为原告提交的证据复印件存在问题，如不清晰、不完整或与原件不符，可以要求法院核对原件，或提出异议指出复印件的不足。
- 证据分类与编号：证据应分类编号，并标注名称、来源、证明内容等信息，同时制作证据清单以便审查。若原告未按规定进行分类编号或制作清单，被告可以在答辩或质证阶段指出这一问题，要求法院对证据进行更严格的审查。
证据形式的合法性：
- 书证要求：书证应为原件或与原件核对无误的复印件。若被告认为原告提交的书证并非原件，且无法提供与原件核对无误的证明，可以提出异议，要求法院不予采信该证据。
- 视听资料要求：视听资料应清晰完整。若被告认为原告提交的视听资料存在剪辑、篡改或无法清晰反映事实的情况，可以提出质疑，并要求法院进行技术鉴定或不予采信。
涉及特殊证据的处理：
- 国家秘密、商业秘密或个人隐私：若证据涉及国家秘密、商业秘密或个人隐私，当事人应及时告知法院并申请保密措施。若被告认为原告未履行该义务，导致相关证据泄露或不当使用，可以提出异议，并要求法院采取相应措施保护相关权益。
- 域外证据：域外证据需履行证明手续。若被告认为原告提交的域外证据未按规定履行证明手续，可以提出异议，并要求法院不予采信该证据。
证据保管与篡改责任：
- 证据保管：立案后，证据由法院保管，当事人不得擅自篡改、损毁。若被告认为原告在立案后擅自篡改或损毁了证据，可以提出异议，并要求法院进行调查取证或采取其他措施。
- 法律责任：若当事人擅自篡改、损毁证据，需承担相应的法律责任。被告可以在答辩或质证阶段指出原告的这一行为，并要求法院依法追究其责任。
针对被告的具体应对建议：
- 仔细审查证据：被告应仔细审查原告提交的证据，包括证据的提交形式、内容真实性、合法性等方面，找出可能存在的问题和漏洞。
- 及时提出异议：在答辩或质证阶段，被告应及时提出对证据的异议，并说明理由和依据。法院会根据双方当事人的质证意见和证据情况，对证据进行审查和认定。
- 积极收集反证：若被告认为原告提交的证据不足以证明其主张，或存在相反的事实和证据，应积极收集和提供反证，以支持自己的答辩意见。
法律后果提示：
- 若被告未能在规定时间内提出对证据的异议，或提出的异议缺乏充分理由和依据，法院可能会认定原告提交的证据具有证明力，并据此作出判决。
- 若被告擅自篡改、损毁证据，或未履行告知法院申请保密措施的义务，导致相关证据泄露或不当使用，需承担相应的法律责任，包括但不限于罚款、拘留等。
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