原告不配合被告、拒绝鉴定时，法院通常会根据诉讼类型及具体情形作出相应处理，总体原则是原告可能承担不利后果。以下从民事诉讼和刑事诉讼两个角度进行详细分析：
一、民事诉讼中的处理
鉴定启动阶段
- 若原告作为申请方不配合（如不提供材料、不缴纳费用、拒绝检查等），法院可能认定原告无法完成举证责任，对其主张的相关事实不予认定。例如，在交通事故案件中，如果原告自行委托鉴定后拒绝配合被告或法院申请的重新鉴定，法院可能对其主张的伤残赔偿金、精神抚慰金等相关损失不予支持。
- 若鉴定是被告申请或法院依职权启动，原告无正当理由拒不配合，法院将进行释明并告知不利后果。此时，原告若仍不配合，法院可能依据现有证据作出对原告不利的判决。
鉴定进行过程中
- 原告若干扰鉴定工作（如言语威胁、阻碍设备使用等），法院有权根据情节轻重对原告予以罚款、拘留；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
- 原告若中途撤回配合且无正当理由，法院将对原告作出不利判断，并可能采取训诫等措施。例如，在鉴定过程中，原告突然拒绝继续配合，导致鉴定无法完成，法院可能据此认定原告未尽到举证责任。
法律后果
- 依据《民事诉讼证据规定》，原告拒不提供相关证据，需承担不利后果。这意味着，如果原告因不配合鉴定而无法提供关键证据，法院可能依据现有证据作出对原告不利的判决。
- 在某些情况下，如果原告负有举证责任且申请司法鉴定，而被告（或另一方当事人）无不正当理由拒不配合，法院可能推定被告（或另一方当事人）关于鉴定事项的主张成立。但这一规则并不适用于原告不配合鉴定的情形。
二、刑事诉讼中的处理
强制进行鉴定
- 在刑事诉讼中，若犯罪嫌疑人或被告人无正当理由拒绝进行关键鉴定（如法医精神病鉴定），侦查机关可依照相关规定强制进行。这一规则体现了刑事诉讼中保障案件事实查明的需要。
视为妨碍司法程序
- 犯罪嫌疑人或被告人的不配合行为可能被视为抗拒司法程序。法院在量刑时会综合其他证据进行判定，并可能作出对其不利的推断。例如，在故意伤害案件中，如果犯罪嫌疑人拒绝进行伤势鉴定，法院可能据此认定其态度恶劣，从而在量刑时予以从重处罚。
三、其他共同处理措施
审查不配合原因
- 法院在处理原告不配合司法鉴定的情况时，会仔细审查具体原因。如果原告能给出合理的解释（如鉴定机构选定不合法、鉴定程序存在瑕疵等），法院可能会重新协调并安排合适的鉴定流程。
督促与协调
- 对于另一方当事人而言，可以向法院等有权机关阐述情况，请求其凭借职权对不配合的一方进行督促或协调，以确保诉讼程序的顺利进行。例如，被告可以向法院申请对原告进行训诫或罚款，以促使其配合鉴定工作。
建议：作为原告，应当充分认识到司法鉴定在诉讼中的重要性，并积极配合法院指定的司法鉴定程序。如果因特殊原因无法配合，应及时向法院说明情况并寻求解决方案。否则，可能因不配合鉴定而承担不利后果。如果您在此方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。