小区社区用房开宠物医院是否合法，需根据具体情况来判断。以下是对此问题的详细分析：
符合规定并办好手续则合法：
- 如果小区的规划和管理规定允许开设宠物医院，且宠物医院的设立符合相关的卫生、环保等部门的要求，并办理了合法的营业执照等手续，那么在小区社区用房开宠物医院是合法的。这要求宠物医院具备相应的医疗设备、专业的兽医人员，并遵守动物防疫等方面的规定，以确保周边居民的生活环境和健康不受影响。
违反规定或存在扰民问题则不合法：
- 如果小区的规划不允许开设此类商业场所，或者宠物医院的设立未满足相关部门的要求，如存在噪音、异味等扰民问题，那么在小区社区用房开宠物医院就不合法。这种情况下，相关部门有权责令其整改或予以取缔。
因此，在判断小区社区用房开宠物医院是否合法时，需要综合考虑小区的规划、管理规定以及宠物医院是否满足相关部门的要求等因素。如果你具体了解某个小区的情况，并希望获取更详细的法律建议，可以直接向我咨询。